双方协议离职但甲方不签字，该协议是否有效需分情况讨论：
若协议内容已实际履行：
- 即使甲方未签字，只要双方已经按照协议内容实际履行了离职相关义务（如员工已办理工作交接、公司已支付经济补偿等），该协议在事实上已经成立并生效。因为法律上，合同的成立并不完全依赖于签字这一形式，实际履行行为也可以视为对合同内容的认可。
若协议内容未实际履行，且甲方明确拒绝签字：
- 在这种情况下，由于甲方未签字且未实际履行协议内容，该协议对甲方不产生法律效力。员工不能仅凭未签字的协议来主张自己的权益，如要求公司支付经济补偿或办理离职手续等。此时，员工可能需要通过其他方式（如与公司协商、申请劳动仲裁等）来维护自己的权益。
若协议内容存在瑕疵或争议：
- 即使甲方签字了，但如果协议内容存在瑕疵（如条款不明确、违反法律法规等）或双方对协议内容存在争议，该协议也可能被认定为无效或部分无效。在这种情况下，双方需要通过法律途径来解决争议，如申请劳动仲裁或提起诉讼等。
法律建议：
对于员工而言：
- 在签订离职协议前，务必仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。
- 如果甲方拒绝签字或协议内容存在争议，不要轻易签署协议，而是应该与公司进行协商或寻求法律帮助。
- 保留好与离职相关的所有证据（如工作交接单、经济补偿支付凭证等），以备不时之需。
对于公司而言：
- 在与员工签订离职协议时，应该确保协议内容合法、明确、无歧义，并充分保障员工的合法权益。
- 如果员工拒绝签署协议或协议内容存在争议，应该积极与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 在协议签署后，应该按照协议内容履行自己的义务，避免因为违约而引发法律纠纷。
可能法律后果：
- 如果协议被认定为无效或部分无效，双方可能需要根据实际情况重新协商或通过法律途径解决争议。
- 如果一方违反协议内容，另一方有权要求违约方承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
总之，双方协议离职但甲方不签字是否有效，取决于协议内容是否已实际履行、是否存在瑕疵或争议等多种因素。在处理此类问题时，建议双方保持冷静、理性沟通，并寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。