将劳动合同中的基本工资改为综合工资，其应得工资不一定会比之前减少，具体取决于综合工资的构成以及双方协商的结果。以下从不同角度进行分析：

一、综合工资的构成与影响

综合工资通常包含了基本工资、绩效工资、奖金、津贴等多个部分。如果综合工资的构成中，除了基本工资外的其他部分（如绩效工资、奖金等）能够合理且充分地体现员工的工作表现和贡献，并且这些部分的金额总和不低于原基本工资与相应福利的差额，那么员工的应得工资可能不会减少，甚至有可能增加。

然而，如果综合工资的构成中，基本工资被大幅降低，而其他部分的金额并不足以弥补这一降低，或者这些部分的发放存在不确定性（如绩效工资的发放与公司业绩、个人表现等挂钩，存在波动），那么员工的应得工资就有可能减少。

二、双方协商与合同变更

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。这意味着，如果用人单位希望将劳动合同中的基本工资改为综合工资，必须与员工进行充分协商，并达成一致意见。

1. 协商一致：如果双方能够就综合工资的构成、发放方式等达成一致意见，并且这一变更不违反法律法规的强制性规定，那么这种变更是有效的。在这种情况下，员工的应得工资是否减少取决于双方协商的结果。
2. 未协商一致：如果双方未能就综合工资的变更达成一致意见，或者用人单位单方面变更劳动合同中的工资条款，那么这种变更是无效的。员工有权要求用人单位按照原劳动合同的约定支付工资。

三、法律后果与维权途径

如果用人单位未经员工同意擅自变更劳动合同中的工资条款，导致员工的应得工资减少，员工可以采取以下维权途径：

1. 与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行沟通，要求其按照原劳动合同的约定支付工资。
2. 申请劳动仲裁：如果协商无果，员工可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位支付拖欠的工资及相应的经济补偿。
3. 提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

四、建议与注意事项

1. 仔细审查劳动合同：在签订或变更劳动合同时，员工应仔细审查合同条款，特别是关于工资、福利等方面的约定，确保自己的权益得到充分保障。
2. 保留相关证据：员工应保留与工资、福利相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
3. 及时咨询专业律师：如果员工对劳动合同的变更或工资支付等方面存在疑问或纠纷，应及时咨询专业律师，以便获得专业的法律建议和帮助。

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