鉴定程序严重违法的情形主要包括以下几个方面：
鉴定机构及人员资质违法
- 鉴定机构无资质或超范围鉴定：司法鉴定机构必须依法取得《司法鉴定许可证》，并在登记的业务范围内开展活动。若机构未取得资质或超越业务范围进行鉴定，其鉴定意见因程序违法而不具有合法性。例如，一个未取得法医病理鉴定资质的机构进行了死亡原因鉴定，这显然是违法的。
- 鉴定人不具备相应资格：鉴定人需具备相关专业知识和技能，并取得司法鉴定人执业证。若鉴定人不具备资质条件或违规执业（如在多个机构同时执业、在受罚期间仍从事鉴定活动等），均属于程序违法。
- 鉴定人员应当回避而未回避：鉴定人与案件有利害关系或其他可能影响公正鉴定的关系时，应自行回避或依申请回避。若未回避而继续鉴定，该鉴定程序违法，鉴定意见可能不被采信。例如，鉴定人与案件当事人是近亲属关系，却未回避，这严重影响了鉴定的公正性。
鉴定委托与受理违法
- 委托主体不合法：司法鉴定的委托应由法律规定的主体进行，如侦查机关、人民法院等。不具备法定委托资格的主体进行的委托，其鉴定程序存在违法问题。例如，一个非法律主体的公司自行委托进行司法鉴定，这是不合法的。
- 未签订司法鉴定委托书：鉴定机构受理委托后，应与委托人签订司法鉴定委托书，明确委托事项、鉴定要求及双方权利义务。未签订委托书即开展鉴定，属于程序违法。
- 超出受理条件受理：鉴定机构在受理委托时，需确保提供的鉴定材料真实、完整、充分。若明知材料不完整仍受理，或超出技术条件和鉴定能力仍受理，将影响鉴定结果的准确性，构成程序违法。
鉴定实施过程违法
- 鉴定方法不符合标准：司法鉴定应采用符合国家标准、行业标准和技术规范的鉴定方法。若采用淘汰或未经认可的方法鉴定，将导致鉴定结果缺乏科学性和可靠性，属于程序违法。例如，在法医鉴定中，未采用国际或国内公认的鉴定方法，而是采用了已被淘汰的方法，这是违法的。
- 鉴定过程记录不完整或虚假：鉴定人应对鉴定过程进行实时记录并签名。记录应真实反映鉴定过程，包括样本提取、检验等。若记录不完整或存在伪造、篡改，将影响鉴定程序的合法性。例如，鉴定记录中缺失了关键环节的描述，或者记录与实际情况不符，这都是违法的。
- 未按规定进行鉴定复核：对于复杂、疑难的鉴定事项，应进行复核以确保准确性。若未进行复核或复核人员不具备资格，将导致鉴定结果可能出现错误，属于程序违法。
- 不按规定方式、时限送检：鉴定过程中，送检材料的方式和时限应符合相关规定。若未按规定送检，将影响鉴定结果的准确性和时效性，构成程序违法。
鉴定文书出具违法
- 鉴定文书内容欠缺：司法鉴定文书应包含标题、编号、基本情况、检案摘要、检验过程、分析说明、鉴定意见等内容。若缺少必要内容，如未进行分析说明就直接给出鉴定意见，或落款处无鉴定人签名、盖章，将影响文书的法律效力。
- 鉴定文书未及时送达：鉴定机构应按约定时间或在合理期限内出具并送达鉴定文书。无故拖延送达时间，将影响当事人的诉讼权利行使，构成程序违法。
- 鉴定文书未依法签名盖章或审核批准缺失：鉴定意见书必须由鉴定人签名或盖章，并加盖司法鉴定机构的专用章，且应经合法程序审核或批准。缺少这些要素，鉴定文书不符合法定形式要求，属于程序违法。
- 鉴定文书内容被篡改伪造：若鉴定意见被篡改或伪造，其内容将失去真实性和完整性，属于严重的程序违法行为。
面对鉴定程序违法，当事人可以采取以下措施：
- 在鉴定过程中发现程序违法，有权立即向鉴定机构提出异议，要求其纠正。
- 若鉴定人员存在应当回避而未回避的情形，可书面或口头申请其回避，并说明理由。
- 收到鉴定意见后，认为鉴定程序违法，可向办案机关（如法院、公安机关）提出重新鉴定的申请，详细说明违法情况。办案机关将审查决定是否准许。
- 向司法鉴定机构的主管部门（如司法局或司法厅）投诉，提交书面材料及相关证据。主管部门将调查核实，并对违规的鉴定机构和人员作出相应处罚。
- 在诉讼案件中，可通过庭审质证环节对鉴定意见的合法性进行质疑，邀请专家辅助人出庭说明和分析鉴定程序违法问题，以削弱鉴定意见的证明力。
鉴定程序违法的后果可能包括：
- 法院可能准许当事人的重新鉴定申请。
- 若因程序违法导致鉴定意见无效，当事人有权要求鉴定机构退还费用。
- 司法行政部门可对违法鉴定机构进行警告、罚款、暂停执业、吊销执业证书等处罚。
- 若违法行为构成犯罪，相关责任人需承担刑事责任。
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