在竣工验收时项目经理已经辞职的情况下，首先需要明确的是，项目经理的辞职并不影响竣工验收的进行，但可能会对验收过程中的沟通、协调以及责任归属等方面产生一定影响。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
项目经理辞职对竣工验收流程的影响：
- 流程不受直接影响：竣工验收是工程建设的一个重要环节，其流程通常由相关法律法规、合同条款以及工程惯例所规定。项目经理的辞职，并不改变这些既定的流程和标准。
- 沟通协调可能受阻：项目经理在工程建设中通常扮演着沟通协调的关键角色。其辞职可能导致在验收过程中，与建设单位、监理单位、设计单位等各方的沟通协调出现一定障碍。但这一障碍并非不可克服，可以通过及时更换项目经理或指定临时负责人来加以解决。
责任归属问题：
- 已履行职责不因辞职而免除：项目经理在辞职前已经履行的职责，如工程质量检查、进度控制等，不会因其辞职而免除相关责任。如果验收过程中发现因项目经理管理不善导致的问题，仍可追究其相应责任。
- 新项目经理的接任与责任：如果建设单位及时更换了项目经理，新项目经理将接任原项目经理的职责，包括参与竣工验收工作。新项目经理需对验收过程中发现的问题负责，并采取相应措施进行整改。
应对措施与建议：
- 及时更换项目经理：建设单位在得知项目经理辞职后，应尽快安排更换项目经理，确保验收工作的顺利进行。新项目经理应具备相应的资质和经验，能够迅速熟悉工程情况，参与验收工作。
- 加强沟通协调：在项目经理更换期间，建设单位应加强与各方的沟通协调，确保验收工作的信息畅通。可以通过召开验收准备会议、建立验收工作群等方式，加强各方之间的沟通与协作。
- 明确责任划分：在验收过程中，应明确各方责任划分，避免出现责任不清、推诿扯皮的情况。对于因项目经理辞职导致的问题，应明确是由原项目经理还是新项目经理负责，并采取相应措施进行整改。
总结来说，竣工验收时项目经理已经辞职，虽然可能对验收过程产生一定影响，但并不影响验收的进行。建设单位应通过及时更换项目经理、加强沟通协调以及明确责任划分等措施，确保验收工作的顺利进行。如果在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。