结论前置：当劳动者在申请工伤过程中遇到公司不配合的情况时，公司可能会面临承担工伤待遇费用、行政处罚以及可能的民事赔偿责任等后果。劳动者则可以通过自行申请工伤认定、向相关部门投诉、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。
一、公司不配合的后果
承担工伤待遇费用：
- 根据《工伤保险条例》第十七条的规定，如果公司未在规定时限内提交工伤认定申请，那么在此期间发生的符合条例规定的工伤待遇等有关费用，将由公司自行负担。这意味着，公司不配合申请工伤，最终可能需要承担更多的经济支出。
面临行政处罚：
- 公司不配合工伤认定申请，还可能面临劳动监察部门的行政处罚。劳动监察部门有权对公司进行监督检查，并责令其改正违法行为。如果公司拒不改正，可能会受到罚款等行政处罚。
民事赔偿责任：
- 在某些情况下，如果公司的不配合行为导致劳动者无法及时获得工伤认定和赔偿，从而遭受了额外的损失，公司还可能面临民事赔偿责任。劳动者有权通过法律途径要求公司赔偿其因此遭受的损失。
二、劳动者的应对措施
自行申请工伤认定：
- 如果公司不配合申请工伤认定，劳动者可以在事故伤害发生之日或被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这是劳动者维护自身权益的重要途径。
向相关部门投诉：
- 劳动者可以向当地劳动监察部门投诉公司不配合报工伤的行为。劳动监察部门会进行调查处理，并责令公司改正违法行为。同时，劳动者也可以向社会保险行政部门提出工伤认定申请，该部门会根据事实和证据作出工伤认定决定。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果公司否认劳动关系或阻碍工伤认定，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认劳动关系并裁决公司配合工伤认定及赔偿。如果对仲裁结果不满意，劳动者还可以在规定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法途径维护自身合法权益。
三、实际操作中的建议
保留和收集相关证据：
- 在整个过程中，保留和收集相关证据至关重要。劳动者应主动收集能证明工伤事实的证据，包括现场证人证言、医疗诊断证明、事故现场照片、工作任务安排记录等。这些证据对于后续的工伤认定和赔偿申请具有决定性作用。
及时咨询专业律师：
- 虽然我在这里可以提供一些基本的法律建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，如果劳动者在申请工伤过程中遇到复杂问题或困难，建议及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议和解决方案。
保持冷静和理性：
- 面对公司不配合的情况，劳动者应保持冷静和理性，不要采取过激行为或言语攻击。通过合法途径维护自己的权益才是最有效的方式。
总结与建议：公司不配合申请工伤认定，不仅可能面临承担工伤待遇费用、行政处罚以及民事赔偿责任等后果，还会损害劳动者的合法权益。因此，建议公司积极配合工伤认定申请工作，共同维护劳动者的合法权益。同时，劳动者在遇到公司不配合的情况时，也应及时采取行动，通过合法途径维护自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。