员工在仲裁公司期间不上班是否算旷工，主要取决于未上班的原因以及公司的规章制度，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
一、不算旷工的情形
因参与劳动仲裁程序而无法正常出勤：
- 如果员工因参与劳动仲裁程序（如出庭、提供证据等）而未能正常出勤，且能提供相关证明材料（如仲裁庭通知、出庭证明等），这通常被视为有正当理由的缺勤。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，劳动者有权依法维护自己的合法权益，包括通过法律途径解决与用人单位的争议。因此，在这种情况下，员工未上班不应被认定为旷工。
用人单位与员工协商一致：
- 如果员工与用人单位就暂停工作事宜达成了一致意见，如用人单位同意员工在仲裁期间无需到岗，那么员工不工作不构成旷工。
劳动关系解除或正在解除过程中：
- 如果员工已经按照法定程序（如提前30天提交书面辞职报告）向用人单位提出解除劳动合同，并办理了工作交接，或者双方正协商解除劳动合同，那么在劳动仲裁期间不去上班不被视为旷工，因为此时双方的劳动关系已经或即将终止。
其他正当理由：
- 除了上述情形外，员工还可能因疾病、家庭紧急事务等其他正当理由而无法正常出勤。这些情况下，只要员工能够提供合理的证明或解释，公司通常也不会将其视为旷工。
二、可能构成旷工的情形
- 无合理理由缺勤：
- 如果员工在仲裁期间没有合理的理由而擅自离岗或拒绝工作，且未按照用人单位的规章制度履行请假手续或说明情况，那么就可能会被认定为旷工。旷工是违反公司规章制度的行为，公司有权依据相关规定进行处理，包括但不限于警告、罚款、解除劳动合同等。
三、特殊情况下的考量
- “恶意”申请仲裁：
- 在某些情况下，员工可能为了获取不当利益而“恶意”申请仲裁，并以此为借口不上班。对于这种情况，公司需要谨慎判断，并结合实际情况和证据来认定员工的行为性质。如果确实存在恶意行为，公司可以依据相关法律法规和规章制度进行处理。
四、建议
提前沟通：
- 员工在申请劳动仲裁前，最好与用人单位进行沟通，说明情况并尽可能争取理解与支持。这有助于减少不必要的纠纷和误解。
保留证据：
- 无论是请假还是因客观原因无法上班，员工都应保留好相关证据材料，如仲裁庭通知、出庭证明、医疗证明等，以备不时之需。
了解规章制度：
- 员工应熟悉用人单位的规章制度，明确请假流程和旷工的处理规定，避免因不了解规定而产生不必要的麻烦。
总结来说，员工在仲裁公司期间不上班是否算旷工，需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。