事业单位工作人员连续三年不定等次的处理需结合具体原因及规定综合判断，核心结论如下：

1. 若因考核程序瑕疵或未参与考核导致不定等次
   根据《事业单位工作人员考核规定》第二十二条，未参加年度考核或考核程序不合规的，不得确定为合格以上等次。若连续三年因单位未组织考核或程序违法导致不定等次，工作人员可向单位人事部门提出书面异议，要求补正考核程序或补充考核结果。若单位拒绝，可依据《事业单位人事管理条例》第三十八条，向事业单位主管部门或同级人社部门申请复核，主张程序违法损害权益。

2. 若因个人原因（如长期病假、旷工等）未完成工作任务导致不定等次
   根据《考核规定》第二十一条，工作人员因个人原因未完成工作任务或考核期内累计缺勤超过规定天数的，不得确定为合格以上等次。若连续三年因个人原因不定等次，单位可依据《事业单位工作人员处分暂行规定》第七条，结合具体情节给予警告、记过等处分；若情节严重（如连续旷工超过15个工作日），可依据《事业单位人事管理条例》第十五条解除聘用合同。

3. 若因考核结果争议导致不定等次
   若工作人员对考核结果有异议，可依据《考核规定》第三十条，在收到结果后30日内向单位申请复核；对复核结果不服的，可向主管部门提出申诉。若连续三年因争议未最终确定等次，单位应暂停与考核结果挂钩的薪酬调整、岗位晋升等措施，待争议解决后补发相应待遇。

实务建议：

• 工作人员应保留考核通知、考勤记录、工作成果等证据，以证明未定等次的具体原因；
  
• 单位应完善考核程序，明确未定等次的情形及处理流程，避免程序违法风险；
  
• 若涉及解除合同，单位需提前30日书面通知并听取申辩，否则可能构成违法解除。
  

如有进一步细节（如具体不定等次原因、单位处理方式等），可提供更多信息以便针对性分析。