核心结论：公司改由第三方交社保时，签署的工龄承认协议是否合法，需分情况讨论，关键在于协议内容是否违反法律强制性规定、是否损害劳动者权益。以下为具体分析：

1. 若协议内容合法合规，且未损害劳动者权益，则工龄承认合法
   根据《社会保险法》及《劳动合同法》相关规定，用人单位委托第三方代缴社保本身不违法，但需满足两个条件：

   • 代缴主体合法：第三方需具备社保代缴资质（如人力资源服务许可证）；
     
   • 劳动关系真实：劳动者与用人单位的劳动关系未因代缴行为被否认。
     若公司在此前提下，与劳动者签署书面协议明确“工龄连续计算”，且协议内容不违反法律强制性规定（如不涉及逃避社保缴费基数、不损害劳动者社保待遇等），则该协议合法有效，工龄承认具有法律效力。

2. 若协议存在以下情形，则可能被认定为违法或无效：

   • 以代缴为由逃避社保责任：例如公司通过第三方代缴降低社保缴费基数，导致劳动者社保待遇受损（如养老金、医保报销比例降低），此时协议可能因“以合法形式掩盖非法目的”被认定无效；
     
   • 否认劳动关系：若公司以代缴为由主张与劳动者不存在劳动关系（如拒绝支付经济补偿金、未签订劳动合同），则协议可能因违反《劳动合同法》关于劳动关系认定的强制性规定而无效；
     
   • 未履行告知义务：若公司未向劳动者明确说明代缴对社保待遇的影响（如异地代缴导致医保无法直接结算），可能因侵犯劳动者知情权被认定协议部分无效。

建议：

• 若您已签署此类协议，建议核对协议内容是否包含上述违法情形，并留存工资发放记录、考勤记录等证明劳动关系的证据；
  
• 若公司以代缴为由拒绝承认工龄或损害您的社保权益，可向当地社保部门投诉或申请劳动仲裁，主张工龄连续计算及补缴社保差额。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。