在医疗期内协商解除劳动合同的情况下，经济补偿金的计算是一个涉及多个法律要点的问题。以下是对此问题的详细解答：
一、经济补偿金的基本计算原则
首先，我们需要明确的是，经济补偿金的计算通常基于劳动者在本单位的工作年限以及月工资水平。具体来说：
工作年限：
- 每工作满一年，支付一个月工资作为经济补偿。
- 工作六个月以上不满一年的，也按一年计算，即支付一个月工资。
- 工作不满六个月的，则支付半个月工资作为经济补偿。
月工资的定义：
- 月工资是指劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，这包括了计时工资、计件工资，以及奖金、津贴和补贴等所有货币性收入。
- 如果劳动者工作不满12个月，那么就按照实际工作的月数来计算平均工资。
- 特别需要注意的是，如果劳动者的月平均工资低于当地最低工资标准，那么经济补偿金的计算将按照当地最低工资标准来进行。
二、医疗期内协商解除的特殊情况
在医疗期内，如果劳动者和用人单位协商一致解除劳动合同，那么经济补偿金的计算仍然遵循上述的基本原则。但这里有几个特殊情况需要特别注意：
合法解除与违法解除的区别：
- 如果用人单位在医疗期内依法解除劳动合同（例如，劳动者医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，且用人单位已提前三十日以书面形式通知劳动者本人或额外支付了一个月工资），那么用人单位需要支付经济补偿金，计算方式如上所述。
- 如果用人单位在医疗期内违法解除劳动合同（例如，未提前通知或未经协商一致就解除劳动合同），那么用人单位需要支付的是赔偿金，赔偿金是经济补偿金的两倍。
额外医疗补助费：
- 在医疗期内或医疗期满后，如果劳动者因患病或非因工负伤，经劳动鉴定委员会确认不能从事原工作或用人单位另行安排的工作而解除劳动合同的，用人单位除了支付经济补偿金外，还需要支付不低于六个月工资的医疗补助费。
- 对于患重病和绝症的劳动者，医疗补助费应适当增加，患重病的增加部分不低于医疗补助费的50%，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的100%。
三、实际操作中的建议
- 准确计算月工资：在计算经济补偿金时，务必确保所依据的月工资是劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，并考虑所有货币性收入。
- 了解特殊情况：对于月工资高于本地区上年度职工月平均工资三倍的劳动者，以及医疗期内或医疗期满后解除劳动合同的特殊情况，应按照特殊规定处理，避免计算错误。
- 寻求法律帮助：如果劳动者或用人单位在计算经济补偿金时遇到困难或疑问，建议咨询专业律师或法律援助机构，以确保计算的准确性和合法性。
综上所述，医疗期内协商解除劳动合同的经济补偿金计算是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多个法律要点和实际情况。希望以上解答能够帮助您更好地理解和处理这一问题。