若在民营单位检查过程中遇到不配合的情况，可采取以下措施：

1. 明确检查的法律依据与权限
   首先需确认检查行为的合法性。若检查系基于法律法规授权（如《安全生产法》《环境保护法》等赋予行政机关的监管职权），或民营单位自愿接受第三方机构（如审计、认证机构）的合规审查，则被检查方有义务配合。

   • 若为行政机关检查：可向对方出示执法证件、检查通知书等文件，明确告知拒不配合的法律后果（如罚款、责令停产整顿等）。
     
   • 若为第三方机构检查：需依据双方签订的合同或协议，要求对方出示授权委托书，并强调违约责任（如赔偿因拒检导致的损失）。

2. 分情况处理不配合行为

   • 被检查方以“无权检查”为由拒绝：
     要求对方出具书面异议，并记录在场人员、时间、地点等关键信息。若对方仍拒绝，可终止检查并留存证据（如录音、录像），后续通过行政复议或诉讼主张权利。
     
   • 被检查方以“干扰经营”为由拒绝：
     可协商调整检查时间或方式（如分阶段检查、提供电子资料替代现场核查），但需确保检查目的不受影响。若对方无合理理由持续阻挠，可依据《治安管理处罚法》第50条（阻碍国家机关工作人员依法执行职务）报警处理。
     
   • 被检查方隐匿、销毁证据：
     立即固定现场情况（如拍照、封存剩余资料），并向公安机关报案或向法院申请证据保全。若涉及刑事犯罪（如毁灭会计凭证罪），可同步移送司法机关。

3. 后续法律救济途径

   • 行政途径：向检查机关的上级部门或同级政府申请行政复议，要求确认检查程序合法性或责令被检查方配合。
     
   • 民事途径：若因拒检导致合同违约（如审计合同未履行），可依据《民法典》第577条要求对方承担继续履行、赔偿损失等责任。
     
   • 刑事途径：若发现被检查方存在伪造证据、行贿等违法行为，可向纪检监察机关或公安机关举报。

建议：检查前应制定详细方案，明确检查范围、方式及被检查方的义务；检查过程中注意程序合法性（如两人以上执法、出示证件、制作笔录）；遇阻挠时优先通过沟通协商解决，避免激化矛盾。如有具体场景或行业特殊性，可进一步向我咨询。