针对分公司不配合总公司检查的情况，可以从以下几个角度进行处理：
内部沟通与协调：
- 初步沟通：首先，总公司应尝试与分公司进行友好、开放的沟通，了解其不配合的具体原因。可能是分公司对检查的目的、内容或方式存在误解，或者存在某些实际困难导致无法配合。
- 明确检查目的与重要性：向分公司详细解释检查的目的、意义以及对于公司整体运营的重要性，争取其理解和支持。
- 协商解决方案：根据分公司的反馈，协商制定双方都能接受的检查方案和时间表，确保检查能够顺利进行。
制度与流程完善：
- 审查内部管理制度：检查公司内部关于分公司管理、检查与监督的制度是否完善，是否存在漏洞或不明确的地方。
- 明确检查流程与标准：制定或完善分公司检查的具体流程、标准和要求，确保检查工作有章可循、有据可查。
- 强化制度执行：对于不配合检查的分公司，依据公司内部管理制度进行相应的处理，如警告、罚款、调整管理层等，以维护制度的严肃性。
法律手段运用：
- 发送律师函：如果分公司持续不配合检查，且沟通无果，总公司可以委托律师向分公司发送律师函，明确指出其不配合检查的行为可能构成违约或违反公司章程，要求其立即改正。
- 提起诉讼：在极端情况下，如果分公司拒不配合且其行为严重损害了总公司的利益，总公司可以考虑向法院提起诉讼，要求分公司履行配合检查的义务，并可能要求赔偿因此造成的损失。
外部监管与协助：
- 寻求行业协会或监管机构的帮助：如果分公司的不配合行为涉及行业规范或监管要求，总公司可以向相关行业协会或监管机构报告，寻求其协助和指导。
- 利用媒体与公众监督：在适当的情况下，总公司可以通过媒体或公众渠道公开分公司不配合检查的情况，形成舆论压力，促使分公司改正行为。
在处理过程中，需要注意以下几点：
- 保持冷静与理性：避免情绪化处理，确保所有行动都基于事实和法律。
- 尊重分公司权益：在维护总公司利益的同时，也要尊重分公司的合法权益，避免过度干预或侵犯。
- 及时记录与留证：对于所有沟通、协商和处理过程，都要及时记录并留存证据，以备不时之需。
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