结论前置：员工违规操作自残后，即使工伤认定书已下且员工不拿伤残补助，用人单位仍需按照法律规定履行相应义务，不能简单地认为“不拿伤残补助就可以了”。以下从多个角度进行分析：

一、工伤认定与伤残补助的法律基础

根据《工伤保险条例》的相关规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病进行治疗，享受工伤医疗待遇。同时，职工因工致残被鉴定为伤残等级的，应享受相应的伤残待遇，包括一次性伤残补助金等。这些待遇是法定的，不因员工的主观意愿（如不拿伤残补助）而免除用人单位的支付义务。

二、员工不拿伤残补助的法律后果

1. 用人单位的支付义务：即使员工表示不拿伤残补助，用人单位也不能因此免除支付义务。因为伤残补助是法律规定的员工应享有的权益，用人单位有义务按照规定的标准和程序进行支付。
2. 员工的权利行使：员工有权选择是否接受伤残补助，但这并不影响其应享有的法律权益。如果员工后续改变主意，仍然可以要求用人单位支付伤残补助。
3. 可能的法律纠纷：如果用人单位未按照法律规定支付伤残补助，员工有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起诉讼或仲裁，要求用人单位支付相应的待遇。这可能导致用人单位面临法律纠纷和额外的经济支出。

三、用人单位的应对策略

1. 履行支付义务：用人单位应严格按照法律规定，及时、足额地支付员工的伤残补助等工伤待遇。
2. 沟通与协商：如果员工表示不拿伤残补助，用人单位可以与员工进行沟通，了解其真实意图和原因，并尝试通过协商达成一致意见。但无论如何，用人单位都不能因此免除支付义务。
3. 保留证据：用人单位应妥善保管与工伤认定、伤残评定和待遇支付相关的证据材料，以备不时之需。这些证据材料在后续的法律纠纷中可能起到关键作用。

四、特殊情况下的处理

如果员工因自残行为导致工伤，且该行为被认定为故意犯罪或醉酒、吸毒等情形，根据《工伤保险条例》的规定，员工将不享受工伤保险待遇。但这种情况需要严格的法律程序和证据支持，不能仅凭用人单位的主观判断或员工的自述来认定。

总结与建议：员工违规操作自残后，即使工伤认定书已下且员工不拿伤残补助，用人单位仍需按照法律规定履行相应义务。建议用人单位在处理此类问题时，务必遵循法律法规的规定，确保员工的合法权益得到保障，同时也避免自身陷入不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。