单位以员工不去考证进行处罚，通常是不合法的。以下从多个角度对此问题进行分析：
法律层面：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位并无对员工进行罚款的法定权力。罚款是行政处罚的一种，仅由具备行政处罚权的行政机关实施，企业作为用人单位不具备该权力。因此，单位以员工不去考证为由进行罚款，缺乏法律依据。
企业规定层面：
- 合同约定：若劳动合同中明确约定了员工有义务参加特定考证培训，并规定了不参加的违约责任，这种约定需不违反法律法规的强制性规定才可能有效。但罚款并非合法的违约责任形式，因此，即使合同中有此类约定，单位也不能直接对员工进行罚款。
- 规章制度：企业制定的相关规章制度必须符合法律规定的程序才能有效，包括通过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论），并与工会或职工代表平等协商确定，同时向劳动者公示或告知。未经这些程序的规章制度，其罚款规定不具有法律效力。
考证性质层面：
- 法定考证：对于法律明确要求企业必须提供的考证培训（如某些特定行业的资质证书），员工拒绝参加可能面临一定后果，但企业不能直接罚款，而应按照法定程序处理，如警告、解除劳动合同等。
- 非法定考证：对于非法律强制要求的考证培训，员工有权选择是否参加，企业不能以罚款方式强迫。
合法处理方式：
- 单位应依法建立和完善劳动规章制度，明确员工参加考证培训的义务及合理的后果，但后果不应包括罚款。
- 单位可以依照劳动合同约定处理，但需确保约定合法合规，不侵犯员工权益。
- 单位可以设定奖金制度，以激励员工自愿参加考证培训，而非以罚款方式强迫。
员工权益保护：
- 员工面对单位不合法罚款时，首先应与单位进行沟通协商，表达观点和诉求。
- 若协商无果，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 在严重情况下，员工可以寻求法律援助，甚至提起诉讼。
特殊情况说明：
- 即使单位的规章制度依法制定且已公示，员工不参加考证培训的行为构成严重违纪，单位也不能直接罚款。单位应遵循法律法规，采取合法合理的管理措施，如警告、调岗、解除劳动合同等。
综上所述，单位以员工不去考证进行处罚通常是不合法的。单位应尊重并保护员工的合法权益，依法处理员工不参加考证培训的问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。