关于三个月员工辞退时经济补偿的计算，并非直接按实发三个月平均工资算，而是需要依据员工的工作年限、工资水平以及辞退的具体情形来确定。以下是对这一问题的详细分析：
一、经济补偿的基本计算原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，经济补偿的计算主要依据员工在本单位的工作年限和月工资水平。具体来说：
工作年限：每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
月工资：指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的“工资”包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入，且是应发工资，而非实发工资。应发工资是劳动者在正常劳动情况下，用人单位应当支付给劳动者的全部工资报酬，包括各种税费、社保等扣除前的金额。
二、具体计算方式
对于三个月的员工被辞退的情况，如果属于用人单位依法解除劳动合同的情形（如员工严重违反用人单位规章制度、严重失职等），且员工不存在过错，那么经济补偿的计算方式如下：
工作年限：由于员工工作不满六个月，因此应支付半个月工资的经济补偿。
月工资：按照员工在劳动合同解除前十二个月的平均工资计算。如果员工仅工作了三个月，则可能按照这三个月的平均工资来计算，但需注意是应发工资而非实发工资。
计算公式：经济补偿 = 半个月 × 劳动合同解除前十二个月的平均工资（或实际工作期间的平均工资，如仅工作三个月）
三、特殊情况说明
如果员工存在过错：如严重违反用人单位规章制度、严重失职等，用人单位可以依法解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
如果用人单位违法解除劳动合同：如无正当理由辞退员工，那么用人单位需要按照经济补偿标准的两倍向劳动者支付赔偿金。即赔偿金 = 1个月（半个月的两倍）× 劳动合同解除前十二个月的平均工资（或实际工作期间的平均工资）。
四、建议与注意事项
保留证据：员工在面临辞退时，应保留好与用人单位的劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
咨询专业律师：如果员工对辞退决定或经济补偿有异议，建议及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的维权途径。
注意时效性：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。因此，员工在面临劳动争议时，应及时行使自己的权利，避免超过时效期间而丧失维权机会。
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