挂靠协议纠纷是否受理仲裁，需分情况讨论：
若挂靠协议中明确约定了仲裁条款：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。这意味着，如果挂靠协议中明确约定了双方因协议产生的争议应提交仲裁解决，并且该仲裁条款符合法律规定的有效性要件（如双方具有完全民事行为能力、仲裁事项属于可仲裁范围、仲裁协议形式合法等），那么一旦发生纠纷，双方应通过仲裁途径解决，法院将不会受理此类案件。
若挂靠协议中未约定仲裁条款，或仲裁条款无效：
- 在这种情况下，如果双方因挂靠协议产生纠纷，一方或双方可以向人民法院提起诉讼。法院将根据相关法律法规和案件事实，对纠纷进行审理并作出判决。此时，仲裁机构将不会受理此类纠纷，因为缺乏有效的仲裁协议作为受理依据。
法律建议：
- 明确约定仲裁条款：如果双方希望以仲裁方式解决挂靠协议纠纷，建议在协议中明确约定仲裁条款，包括仲裁机构的选择、仲裁规则、仲裁地点等关键内容。这有助于在纠纷发生时，快速、有效地通过仲裁途径解决争议。
- 注意仲裁条款的有效性：在约定仲裁条款时，应确保条款内容合法、有效。避免出现因仲裁条款无效而导致纠纷无法通过仲裁解决的情况。例如，应确保双方具有完全民事行为能力、仲裁事项属于可仲裁范围、仲裁协议形式合法等。
- 考虑诉讼与仲裁的优缺点：在选择纠纷解决方式时，双方应充分考虑诉讼与仲裁的优缺点。诉讼具有公开性、强制性等特点，但可能耗时较长、成本较高；仲裁则具有保密性、灵活性等特点，但仲裁裁决的执行可能受到一定限制。双方应根据自身需求和实际情况，选择最适合的纠纷解决方式。
可能后果：
- 如果双方约定了有效的仲裁条款，但一方仍向法院提起诉讼，法院将不予受理，并可能告知当事人向约定的仲裁机构申请仲裁。
- 如果双方未约定仲裁条款或仲裁条款无效，一方或双方向法院提起诉讼，法院将依法受理并审理案件。此时，如果一方或双方对法院判决不服，可以依法提起上诉或申请再审等法律程序。
如有任何关于挂靠协议或劳动仲裁的疑问，可以直接向我咨询。