挂靠施工不能起诉确认仲裁协议无效。具体分析如下：

首先，我们需要明确“挂靠施工”和“仲裁协议”的含义。挂靠施工通常指的是没有施工资质的单位或个人，通过借用有资质的施工企业的名义进行施工活动。而仲裁协议则是双方当事人自愿将他们之间已经发生或者可能发生的可仲裁事项提交仲裁裁决的书面协议。

接下来，我们分析挂靠施工与仲裁协议之间的关系。在挂靠施工的情况下，虽然实际施工人与被挂靠企业之间可能存在某种形式的合作关系，但这种关系并不等同于直接的合同关系。仲裁协议的有效性主要基于双方当事人的真实意思表示和合同的合法性。如果挂靠施工中的实际施工人并非仲裁协议的当事人，那么他就无权起诉确认该仲裁协议的无效。

此外，从法律的角度来看，确认仲裁协议无效通常需要满足一定的法定条件，如仲裁协议的内容违反法律规定、仲裁机构无权仲裁等。而挂靠施工本身并不构成确认仲裁协议无效的法定理由。

综上所述，挂靠施工不能起诉确认仲裁协议无效。如果实际施工人在挂靠施工过程中遇到了与仲裁协议相关的问题，建议他首先明确自己的法律地位，并咨询专业律师以获取针对性的法律建议。在实际操作中，应尊重仲裁协议的约定，通过合法的途径解决争议。