车辆挂靠公司协议书中的仲裁条款，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从多个角度为你详细分析：
仲裁条款有效的法定条件
双方自愿：仲裁条款必须是双方当事人在平等、自愿的基础上协商一致达成的。这意味着在车辆挂靠公司协议书中，双方必须明确表示愿意通过仲裁方式解决可能产生的争议，且这一意愿是真实、自愿的，没有受到任何胁迫或欺诈。
仲裁事项明确：仲裁条款中应明确约定仲裁的事项，即哪些争议可以通过仲裁方式解决。在车辆挂靠公司协议书中，仲裁事项可能包括合同履行过程中的争议、违约责任、损害赔偿等。如果仲裁事项约定不明确，可能导致仲裁条款无效。
仲裁机构选定：双方应在仲裁条款中明确选定一个具体的仲裁机构来处理争议。这个仲裁机构应该是依法设立的，具有处理相关争议的资质和经验。如果双方没有选定仲裁机构，或者选定的仲裁机构不存在、不合法，也可能导致仲裁条款无效。
仲裁条款无效的情形
违反法定程序：如果仲裁条款的订立过程违反了法定程序，如未经双方协商一致、一方在胁迫或欺诈下订立等，该仲裁条款可能被认定为无效。
仲裁事项超出法律范围：如果仲裁条款中约定的仲裁事项超出了法律规定的仲裁范围，如涉及人身关系的争议等，该部分仲裁条款可能被认定为无效。
仲裁机构无权处理：如果双方选定的仲裁机构无权处理约定的仲裁事项，或者该仲裁机构已经不存在、被撤销等，该仲裁条款也可能被认定为无效。
实际应用中的注意事项
明确约定：在车辆挂靠公司协议书中，双方应明确、具体地约定仲裁条款，包括仲裁事项、仲裁机构、仲裁规则等，以确保仲裁条款的有效性和可执行性。
审查合法性：在订立仲裁条款时，双方应审查其合法性，确保仲裁条款不违反法律法规的强制性规定，不损害社会公共利益和他人合法权益。
及时行使权利：如果一方认为仲裁条款无效或存在争议，应及时向对方提出异议，并在法定期限内向人民法院申请确认仲裁条款的效力或撤销仲裁裁决。
建议：在签订车辆挂靠公司协议书时，双方应充分了解仲裁条款的法律效力和可能产生的法律后果，并在专业律师的指导下进行协商和订立。如果遇到任何法律问题或争议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议和帮助。