车辆挂靠协议的有效性是一个相对复杂的问题，它取决于多个因素，包括协议的具体内容、双方当事人的真实意愿、以及是否符合相关法律法规的规定。

首先，从合同法的角度来看，如果车辆挂靠协议是双方当事人的真实意思表示，并且不违反法律、法规的强制性规定，那么该协议通常是合法有效的。这意味着，协议中约定的各项权利和义务将对双方当事人具有法律约束力。

然而，值得注意的是，在某些地区或特定情况下，车辆挂靠可能受到严格的监管或禁止。例如，一些地方政府可能出台相关规定，明确禁止营运车辆进行挂靠经营。在这种情况下，即使双方签订了挂靠协议，也可能因为违反相关规定而被认定为无效。

此外，车辆挂靠协议的有效性还可能受到合同履行情况的影响。如果在合同履行过程中，一方当事人违反了协议约定的义务，或者双方因矛盾激发导致信任基础丧失，无法就挂靠合同主要权利义务的进一步履行达成一致意见，那么合同可能难以继续履行。在这种情况下，一方当事人可能会选择向法院提起诉讼，要求解除挂靠协议。

综上所述，车辆挂靠协议的有效性是一个需要根据具体情况来判断的问题。在签订挂靠协议前，双方当事人应该充分了解相关法律法规和政策规定，确保协议内容的合法性和有效性。同时，在合同履行过程中，双方也应该遵守诚实信用原则，严格按照协议约定的权利和义务履行各自的责任。如果发生争议或纠纷，应该及时寻求法律途径进行解决。