合同到期未续签但形成事实上合同关系的，结算方式需根据具体情况确定，一般可按原合同约定或参照行业惯例、实际履行情况等综合判断。以下分情况详细说明：
原合同有明确约定结算条款且双方仍按此履行
若原合同到期后，双方虽未续签书面合同，但继续按照原合同的权利义务履行（如继续提供服务、支付费用等），且原合同中明确约定了结算方式（如按月结算、按项目进度结算等），则一般应按照原合同约定的结算条款执行。此时，事实合同关系的内容与原合同基本一致，结算方式自然延续。
例如：甲乙签订为期1年的劳务合同，约定每月10日支付劳务费。合同到期后，甲继续为乙提供劳务，乙也按月支付费用，但未续签合同。此时，乙仍应按原合同约定的每月10日支付劳务费。
原合同无明确约定或约定不明，但双方实际履行中形成新的结算惯例
若原合同未明确约定结算方式，或约定不明（如仅约定“按实际发生结算”但未明确具体标准），但双方在事实合同关系履行过程中，通过实际行为形成了新的结算惯例（如每月固定金额、按工作量分段计价等），且双方均无异议，则可参照该惯例结算。
例如：甲乙签订的运输合同到期后，未续签但继续合作。原合同未约定运费计算方式，但实际履行中，甲每月按运输吨数×固定单价向乙结算，乙均接受。此时，可按该实际履行的单价结算。
原合同无约定且未形成新惯例，需结合行业惯例或实际履行情况综合判断
若原合同无约定，且双方未形成新的结算惯例，则需结合行业惯例、实际履行情况（如服务内容、市场价格等）综合判断。此时，可参考同类服务的市场价格、双方过往合作中的合理标准等，确保结算公平合理。
例如：甲乙签订的咨询服务合同到期后，未续签但甲继续为乙提供咨询。原合同未约定咨询费标准，且双方未形成新惯例。此时，可参考当地同类咨询服务的市场价格，或甲为其他客户提供的同类服务收费标准，协商确定结算金额。
一方主张结算但另一方拒绝，需通过法律途径解决
若双方对结算方式无法达成一致，或一方拒绝结算，另一方可收集证据（如原合同、实际履行记录、沟通记录等），通过协商、调解或诉讼等方式解决。法院或仲裁机构会根据事实合同关系的内容、双方实际履行情况、公平原则等，综合判断结算方式及金额。
例如：甲主张按原合同标准结算，乙认为应降低费用，双方协商无果。甲可起诉至法院，法院会审查双方实际履行情况（如甲提供的服务是否符合要求、乙是否接受等），判决合理的结算金额。
温馨提示：合同到期未续签但形成事实合同关系时，建议双方尽快补签书面合同，明确权利义务及结算方式，避免纠纷。若已产生纠纷，可随时向我咨询具体解决方案。