《水污染防治法》第二十一条与《排污许可管理条例》第二条的适用需结合具体场景判断，二者分别从“水污染物排放标准”和“排污许可制度适用范围”进行规范，实践中可能存在交叉适用或独立适用的情况。以下分情况说明：
1. 若涉及水污染物排放标准与排污许可的关联性，需同时适用两部法规
《水污染防治法》第二十一条规定：“直接或者间接向水体排放工业废水和医疗污水以及其他按照规定应当取得排污许可证方可排放的废水、污水的企业事业单位和其他生产经营者，应当取得排污许可证；城镇污水集中处理设施的运营单位，也应当取得排污许可证。排污单位应当按照排污许可证的要求排放污染物；未取得排污许可证的，不得排放污染物。”
《排污许可管理条例》第二条则明确：“依照法律规定实行排污许可管理的企业事业单位和其他生产经营者（以下称排污单位），应当依照本条例规定申请取得排污许可证；未取得排污许可证的，不得排放污染物。”
适用场景：若企业直接向水体排放废水（如工业废水、医疗污水），需同时满足两部法规的要求——既需符合《水污染防治法》第二十一条关于“按排污许可证要求排放”的规定，也需符合《排污许可管理条例》第二条关于“申请并取得排污许可证”的程序性要求。此时两部法规的适用是互补的，共同构成对水污染物排放的“实体+程序”双重规范。
2. 若仅涉及非水污染物排放或非直接排入水体的排污行为，可能仅适用《排污许可管理条例》
《排污许可管理条例》第二条的适用范围不限于水污染物，还包括大气污染物、固体废物等其他污染物（具体以《固定污染源排污许可分类管理名录》为准）。若企业排放的是大气污染物或固体废物，或虽排放废水但未直接排入水体（如排入市政管网），则仅需遵守《排污许可管理条例》的规定，无需直接适用《水污染防治法》第二十一条。
例外：若该废水最终可能通过市政管网间接排入水体（如城镇污水集中处理设施的进水），则仍需符合《水污染防治法》第二十一条关于“城镇污水集中处理设施运营单位需取得排污许可证”的要求，此时两部法规可能再次交叉适用。
3. 若涉及排污许可的申请、变更、延续等程序性事项，优先适用《排污许可管理条例》
《排污许可管理条例》对排污许可证的申请、审核、发放、变更、延续、注销等程序作了详细规定（如第十条至第二十八条），而《水污染防治法》第二十一条仅原则性要求“取得排污许可证”。若企业需办理排污许可证的具体手续（如提交材料、整改要求、期限等），应优先适用《排污许可管理条例》的细化规定。
示例：企业申请排污许可证时，若《排污许可管理条例》要求提交“环境影响评价文件”，而《水污染防治法》未明确此要求，则以《排污许可管理条例》为准。
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