《大气污染防治法》第20条第2款与第45条在处罚案件中的适用需结合具体违法情形、行为性质及法律竞合关系综合判断，核心原则为“特别条款优先适用，一般条款补充适用；行为竞合时从一重罚，责任竞合时按比例担责”。以下从法律条款内容、适用逻辑、典型场景三个维度展开分析：

一、条款内容与立法目的差异

1. 第20条第2款：
   该条款属于“排污许可管理制度”范畴，核心要求是“企业事业单位和其他生产经营者（以下简称“排污单位”）应当按照排污许可证的要求排放污染物；未取得排污许可证的，不得排放污染物”。其处罚对象是未依法取得排污许可证或违反许可证要求排放污染物的行为，立法目的是通过许可制度强化源头管控，确保排污行为符合环境容量和总量控制要求。

2. 第45条：
   该条款属于“重点区域大气污染联合防治”范畴，核心要求是“国家对重点区域（如京津冀及周边地区）的大气污染防治实行统一规划、统一标准、统一监测、统一的防治措施”，并明确“重点区域内有关省、自治区、直辖市人民政府应当确定牵头的地方人民政府，定期召开联席会议，按照统一规划、统一标准、统一监测、统一的防治措施的要求，开展大气污染联合防治，落实大气污染防治目标责任”。其处罚对象是重点区域内地方政府或相关部门未履行联合防治职责的行为（如未制定联合防治方案、未落实防治措施等），立法目的是通过区域协同治理解决跨行政区大气污染问题。

二、适用逻辑：区分行为主体与违法性质

1. 若违法主体是排污单位（企业/个人）：

   • 优先适用第20条第2款：若排污单位未取得排污许可证或违反许可证要求排放污染物（如超标排放、未安装监测设备等），直接依据该条款处罚（如责令改正、罚款、停产整治等）。
     
   • 不适用第45条：第45条调整的是地方政府或部门的联合防治职责，与排污单位直接排污行为无关。

2. 若违法主体是地方政府或相关部门：

   • 优先适用第45条：若重点区域内地方政府未履行联合防治职责（如未召开联席会议、未落实防治措施等），依据该条款追究行政责任（如通报批评、责令改正、对直接责任人员处分等）。
     
   • 不适用第20条第2款：该条款不调整政府行为，仅针对排污单位。

3. 若同一案件中同时涉及排污单位与政府责任：

   • 行为竞合时从一重罚：例如，排污单位在重点区域内未取得许可证排污，同时地方政府未履行联合防治职责导致污染扩散，此时需分别依据第20条第2款处罚排污单位、依据第45条追究政府责任，二者不冲突。
     
   • 责任竞合时按比例担责：若污染结果由排污单位直接排放和政府监管失职共同导致，可能涉及民事赔偿中的按份责任或行政处罚中的并处，但法律条款适用仍需区分主体。

三、典型场景示例

1. 场景1：某化工厂未取得排污许可证排放废气

   • 适用条款：第20条第2款。
     
   • 处罚结果：生态环境部门责令停止排污、罚款（10万-100万元），拒不改正的责令停产整治。

2. 场景2：京津冀某市政府未制定重点区域大气污染联合防治方案

   • 适用条款：第45条。
     
   • 处罚结果：上级政府通报批评、责令限期改正，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。

3. 场景3：某钢铁企业超标排放，且当地政府未落实联合防治措施导致污染扩散

   • 适用条款：第20条第2款（处罚企业）+第45条（追究政府责任）。
     
   • 处罚结果：企业被罚款、停产整治；政府被通报批评，相关责任人被处分。

总结：两条款的适用关键在于明确违法主体（排污单位 vs. 政府）和违法性质（直接排污 vs. 监管失职）。实践中需结合具体案情，避免条款混淆或重复评价。如有复杂案件需进一步分析，可直接向我咨询具体细节。