违反《大气污染防治法》第九十九条第二项的处罚，主要依据违法情节的严重程度来确定，具体处罚措施包括罚款、责令改正、责令限制生产、停产整治，甚至责令停业、关闭等。以下是对该条款处罚措施的详细解释：
一、法律条款内容
《大气污染防治法》第九十九条第二项规定：“违反本法规定，有下列行为之一的，由县级以上人民政府生态环境主管部门责令改正或者限制生产、停产整治，并处十万元以上一百万元以下的罚款；情节严重的，报经有批准权的人民政府批准，责令停业、关闭：……（二）超过大气污染物排放标准或者超过重点大气污染物排放总量控制指标排放大气污染物的；……”。
二、处罚措施详解
罚款：
- 基础罚款：根据违法情节，对违法者处以十万元以上一百万元以下的罚款。这是针对一般违法情节的处罚措施。
- 加重罚款：如果违法情节特别严重，或者违法者拒不改正违法行为，生态环境主管部门可以在基础罚款的基础上加重处罚，但具体加重幅度需根据相关法律法规和实际情况确定。不过，直接的法律条文并未明确加重罚款的具体上限，这通常会在具体执法过程中由执法机关根据违法情节的严重程度进行裁量。
责令改正或限制生产、停产整治：
- 责令改正：生态环境主管部门会要求违法者立即停止违法行为，并采取措施改正，以符合大气污染物排放标准或总量控制指标。
- 限制生产、停产整治：如果违法情节较为严重，或者违法者拒不改正违法行为，生态环境主管部门可以责令其限制生产或停产整治，直至达到排放标准或总量控制指标。
责令停业、关闭：
- 情节严重：对于违法情节特别严重，或者经过责令改正、限制生产、停产整治后仍不改正的违法者，生态环境主管部门可以报经有批准权的人民政府批准，责令其停业、关闭。这是针对最严重违法情节的处罚措施。
三、实际应用中的考量因素
在实际应用中，生态环境主管部门在确定处罚措施时，会综合考虑多种因素，包括但不限于：
- 违法情节的严重程度：如超标排放的倍数、持续时间、对环境的危害程度等。
- 违法者的主观过错：如是否故意违法、是否采取措施减轻危害后果等。
- 违法者的经济能力：罚款数额的确定会考虑违法者的经济承受能力，以确保处罚的合理性和有效性。
- 社会影响：如违法行为是否引发公众关注、是否对当地环境造成严重影响等。
四、建议与提醒
- 遵守法律法规：企业应严格遵守《大气污染防治法》等相关法律法规，确保大气污染物排放符合标准或总量控制指标。
- 加强内部管理：企业应建立健全内部环境管理制度，加强员工培训，提高环保意识，确保各项环保措施得到有效执行。
- 及时整改：如果发现存在超标排放等违法行为，企业应立即采取措施进行整改，并向生态环境主管部门报告整改情况。
- 寻求法律帮助：如果对处罚措施有异议或需要法律帮助，可以及时向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
总之，违反《大气污染防治法》第九十九条第二项的处罚措施是严厉的，企业应严格遵守相关法律法规，确保大气污染物排放符合标准或总量控制指标，以避免不必要的法律风险和经济损失。