《水污染防治法》第94条与《环境保护法》第63条的适用需结合具体违法行为类型、法律责任竞合关系及执法权限划分综合判断，二者可能存在补充适用或优先适用关系。具体分析如下：

一、法律条款内容对比

1. 《水污染防治法》第94条
   该条款针对水污染违法行为设定行政处罚，包括：

   • 责令改正或限制生产、停产整治；
     
   • 罚款（按日连续处罚适用情形）；
     
   • 责令停业、关闭（对严重违法企业）；
     
   • 移送公安机关行政拘留（对直接负责的主管人员和其他直接责任人员）。
     适用范围：仅限于水污染防治领域，如超标排放水污染物、私设暗管等行为。

2. 《环境保护法》第63条
   该条款针对环境违法行为设定行政拘留措施，包括：

   • 建设项目未依法进行环境影响评价被责令停止建设拒不执行的；
     
   • 未取得排污许可证排放污染物被责令停止排污拒不执行的；
     
   • 通过暗管、渗井等逃避监管方式违法排放污染物的；
     
   • 生产、使用国家明令禁止生产、使用的农药被责令改正拒不改正的。
     适用范围：覆盖所有环境介质（水、大气、土壤等），但仅限于需移送公安机关的严重违法行为。

二、法律适用关系分析

1. 竞合情形下的优先适用

   • 若违法行为同时符合两法条款（如通过暗管违法排放水污染物）：
     
     • 行政处罚：优先适用《水污染防治法》第94条，因其针对水污染设定更具体的处罚措施（如按日连续处罚、停业关闭）；
       
     • 行政拘留：两法均规定移送公安机关，但《环境保护法》第63条明确列举了拘留情形，需直接援引该条作为移送依据。
       依据：特别法优于一般法原则（《立法法》第92条），《水污染防治法》作为特别法，其处罚规定优先于《环境保护法》的一般规定。

2. 非竞合情形下的补充适用

   • 若违法行为仅符合《环境保护法》第63条（如未依法进行环评且拒不执行），但未涉及水污染：
     
     • 仅适用《环境保护法》第63条，由生态环境主管部门移送公安机关实施拘留；
       
     • 不涉及《水污染防治法》第94条的适用。
       
   • 若违法行为仅违反《水污染防治法》第94条（如超标排放水污染物但未逃避监管）：
     
     • 仅适用《水污染防治法》第94条进行行政处罚，无需移送公安机关。

三、实务操作建议

1. 违法行为定性：

   • 明确违法行为是否涉及水污染，若涉及则优先适用《水污染防治法》；
     
   • 判断是否符合《环境保护法》第63条列举的拘留情形，若符合则必须移送公安机关。

2. 处罚程序衔接：

   • 对需同时适用两法的案件，生态环境主管部门应先依据《水污染防治法》作出行政处罚决定，再根据《环境保护法》第63条将案件移送公安机关；
     
   • 公安机关应独立审查是否符合拘留条件，不受生态环境主管部门处罚决定的影响。

3. 法律责任竞合处理：

   • 避免重复处罚：对同一违法行为，不得同时依据两法作出两次行政处罚；
     
   • 确保责任完整：若行政处罚与行政拘留针对不同责任主体（如企业与个人），可并行适用。

提示：具体案件中需结合违法行为细节、地方性法规及司法解释进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询具体案件的法律适用问题。