结论：在劳务单位不配合发放农民工工资的情况下，施工单位是否可以直接发放现金，需视具体情况而定，但通常不建议直接发放现金，而应通过合法合规的途径确保工资支付。
分析说明：
劳务单位与施工单位的法律关系：
- 劳务单位与施工单位之间通常存在劳务分包合同关系，劳务单位负责招聘、管理农民工，并支付其工资。施工单位则负责监督劳务单位履行合同义务，包括工资支付情况。
- 若劳务单位不配合发放工资，施工单位有责任督促劳务单位履行支付义务，而非直接替代劳务单位支付。
直接发放现金的风险：
- 法律风险：直接发放现金可能涉及工资支付主体不明确、工资支付记录缺失等问题，增加法律纠纷的风险。例如，若农民工后续主张未收到工资或工资数额不符，施工单位可能因缺乏有效证据而承担不利后果。
- 管理风险：直接发放现金可能导致工资支付流程混乱，难以进行有效管理和监督。同时，也可能引发农民工之间的不公平感或矛盾。
合法合规的支付途径：
- 银行转账：建议施工单位要求劳务单位提供农民工的银行账户信息，通过银行转账方式支付工资。这种方式具有支付记录清晰、可追溯等优点，有助于降低法律风险和管理成本。
- 第三方支付平台：若银行转账不便，可考虑使用第三方支付平台（如支付宝、微信支付等）进行工资支付。但需确保支付平台的安全性和合规性，并保留好支付记录。
- 监督劳务单位支付：若劳务单位确实存在支付困难，施工单位可与其协商，由施工单位先行垫付工资，但需明确垫付的性质、金额及后续追偿方式等，并签订书面协议。同时，施工单位应要求劳务单位提供工资支付计划，并监督其按计划执行。
特殊情况下的处理：
- 紧急情况：在紧急情况下（如劳务单位突然撤场、农民工生活困难等），为避免农民工权益受损，施工单位可考虑在确保安全、合法的前提下，通过适当方式（如发放预支工资卡、提供临时生活费等）暂时缓解农民工的困境。但需尽快与劳务单位协商解决工资支付问题，并保留好相关证据。
- 劳务单位失联或拒不支付：若劳务单位失联或拒不支付工资，施工单位应及时向当地劳动监察部门报告，并配合相关部门进行调查处理。同时，施工单位可考虑通过法律途径（如起诉、申请仲裁等）追究劳务单位的法律责任，并要求其支付工资及可能产生的违约金、赔偿金等。
行动建议：
- 加强合同管理：施工单位在与劳务单位签订劳务分包合同时，应明确约定工资支付方式、时间、金额等条款，并要求劳务单位提供农民工的银行账户信息或第三方支付平台账户信息。
- 建立监督机制：施工单位应建立对劳务单位工资支付情况的监督机制，定期或不定期对劳务单位的工资支付情况进行检查，确保农民工工资按时足额支付。
- 及时沟通协商：若发现劳务单位存在支付困难或拒不支付工资的情况，施工单位应及时与劳务单位沟通协商，寻求解决方案。若协商无果，应及时向相关部门报告并寻求法律帮助。
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