针对施工单位要求劳务单位配合制作农民工工资单但劳务单位不配合的情况，建议施工单位首先通过协商沟通解决，若无法达成一致，可依据合同约定或法律规定采取进一步措施。以下从不同角度展开分析：

1. 协商沟通层面
   施工单位应主动与劳务单位负责人或项目负责人沟通，明确制作工资单的必要性（如保障农民工权益、符合政府监管要求等），并说明不配合可能引发的法律后果（如行政处罚、信用惩戒等）。若劳务单位因客观原因（如人员不足、技术障碍）无法配合，可协商由施工单位提供模板或协助完成部分工作。

2. 合同约定层面
   若双方签订的劳务分包合同中明确约定了劳务单位需配合制作工资单的义务（如“乙方应按甲方要求提供农民工考勤、工资发放等资料”），则劳务单位不配合构成违约。施工单位可依据合同条款：

   • 发送书面《履约催告函》，要求劳务单位限期整改；
     
   • 若逾期未整改，可按合同约定扣除违约金或主张损失赔偿；
     
   • 极端情况下，可依据《民法典》第五百六十三条解除合同并追究违约责任。

3. 法律强制层面
   根据《保障农民工工资支付条例》第十八条，分包单位（劳务单位）对所招用农民工的实名制管理和工资支付负直接责任，且应配合总承包单位（施工单位）编制工资支付表。若劳务单位拒不配合，施工单位可向当地人力资源社会保障行政部门举报，由行政部门责令限期改正；逾期不改正的，可能面临罚款、列入拖欠农民工工资失信联合惩戒对象名单等处罚。

4. 替代方案层面
   若劳务单位仍拒绝配合，施工单位可自行收集农民工考勤、工作量等原始资料，结合银行代发工资记录等证据，单方制作工资单并留存备查。但需注意：

   • 确保资料真实、完整，避免因证据瑕疵引发纠纷；
     
   • 制作后应通过公告、短信等方式告知农民工核对，保留告知记录；
     
   • 若后续因工资问题产生争议，该工资单可作为关键证据使用。

温馨提示：实践中，部分劳务单位不配合可能源于对责任划分的担忧（如担心被认定为工资支付主体）。建议施工单位在合同中明确“工资由施工单位直接发放至农民工账户，劳务单位仅负责提供考勤等辅助资料”，以减少劳务单位的顾虑。若问题复杂，可进一步向我咨询具体操作方案。