结论：慈善捐赠人捐赠资金但指定用于本单位职工，这一行为在符合《慈善法》相关规定及特定条件的情况下，是合法的。但需注意，若捐赠行为不符合慈善目的或违反相关法律法规，则可能不被认定为合法的慈善捐赠。

分析说明：

1. 慈善捐赠的合法性基础：

   • 根据《慈善法》的相关规定，慈善捐赠是指自然人、法人和其他组织基于慈善目的，自愿、无偿赠与财产的活动。这里的“慈善目的”通常指的是扶贫、济困、扶老、救孤、恤病、助残、优抚、救助自然灾害、事故灾难和公共卫生事件等突发事件造成的损害，以及促进教育、科学、文化、卫生、体育等事业的发展等。
   • 若捐赠人捐赠资金并明确指定用于本单位职工，且该捐赠行为符合上述慈善目的（例如，用于本单位职工的扶贫、济困、助残等），则该捐赠行为在法律上是合法的。

2. 指定用途的合法性考量：

   • 捐赠人指定捐赠资金用于本单位职工，并不必然违反《慈善法》。关键在于捐赠资金的使用是否符合慈善目的，且捐赠过程是否公开透明，没有违反法律法规的强制性规定。
   • 如果捐赠资金的使用不符合慈善目的，或者捐赠过程存在欺诈、胁迫等违法行为，那么该捐赠行为则可能被认定为非法。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 捐赠人在进行捐赠时，应明确捐赠目的和用途，并确保捐赠资金的使用符合法律法规和慈善目的。
   • 接受捐赠的单位或组织应建立健全的捐赠资金管理制度，确保捐赠资金的合法、合规使用，并及时向捐赠人和社会公众公开捐赠资金的使用情况。

法律建议：

• 如果您作为捐赠人，打算捐赠资金并指定用于本单位职工，建议您在捐赠前明确捐赠目的和用途，并确保该捐赠行为符合《慈善法》的相关规定。
• 如果您作为接受捐赠的单位或组织，应建立健全的捐赠资金管理制度，确保捐赠资金的合法、合规使用，并及时公开捐赠资金的使用情况，以维护捐赠人的合法权益和社会的公信力。

可能后果：

• 如果捐赠行为符合法律法规和慈善目的，且捐赠过程公开透明，那么捐赠人和接受捐赠的单位或组织都将受到法律的保护。
• 如果捐赠行为违反法律法规或慈善目的，或者捐赠过程存在欺诈、胁迫等违法行为，那么相关责任方可能面临法律责任，包括民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。

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