设计变更而另行签订协议，是否属于对中标合同的实质变更，这需根据变更的具体内容来判断，不能一概而论。以下结合相关法律背景和判决案例进行详细分析：

法律背景

根据《中华人民共和国招标投标法》及相关司法解释，中标合同签订后，双方应当严格按照合同约定履行义务，不得擅自变更合同内容。然而，在实际操作中，由于各种原因（如设计变更、工程量增减等），双方可能会另行签订协议对原合同进行修改。此时，判断这种变更是否属于实质性变更，关键在于变更的内容是否影响了合同的基本性质、主要条款或双方的权利义务关系。

实质性变更的判断标准

1. 合同基本性质：如果变更导致合同的基本性质发生改变，如从建设工程施工合同变为买卖合同，则显然属于实质性变更。
2. 主要条款：主要条款包括工程范围、建设工期、工程质量、工程造价等。如果变更涉及这些主要条款，且变更后的条款与原合同条款存在显著差异，则可能构成实质性变更。
3. 双方权利义务关系：如果变更导致双方的权利义务关系发生根本性变化，如一方承担的义务显著增加或减少，另一方享有的权利显著扩大或缩小，则也可能构成实质性变更。

判决案例分析

1. 案例一：设计变更导致工程量增减，未构成实质性变更

   • 案情简介：某建设工程施工合同签订后，因设计变更导致部分工程量增减。双方另行签订协议，对增减的工程量及相应价款进行了调整。
   • 法院判决：法院认为，设计变更导致的工程量增减属于合同履行过程中的正常调整，未改变合同的基本性质和主要条款，双方的权利义务关系也未发生根本性变化。因此，另行签订的协议不构成对中标合同的实质性变更。

2. 案例二：设计变更导致合同性质改变，构成实质性变更

   • 案情简介：某中标合同原为建设工程施工合同，后因设计变更，双方决定将原合同中的部分工程内容改为采购设备。为此，双方另行签订了设备采购合同。
   • 法院判决：法院认为，设计变更导致合同性质从建设工程施工合同变为设备采购合同，这改变了合同的基本性质。因此，另行签订的设备采购合同构成对中标合同的实质性变更。

法律建议

1. 谨慎对待合同变更：在合同履行过程中，如需变更合同内容，应谨慎评估变更是否构成实质性变更。如构成实质性变更，应重新进行招标投标程序或按照相关规定履行审批手续。
2. 明确变更内容：如双方决定变更合同内容，应明确变更的具体内容、范围、价款等条款，并签订书面协议。这有助于避免后续纠纷的发生。
3. 咨询专业律师：在涉及合同变更等复杂法律问题时，建议咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。

如有任何关于合同纠纷或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。