针对您提出的问题，即离职后公司仍在使用您的工程师证书是否合法，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
首先，公司未经您同意使用您的证书资质，可能涉及您的权益侵占。证书是您个人专业能力和资质的象征，公司未经您的明确同意就擅自使用，这在一定程度上侵犯了您的个人权益。特别是当公司使用您的证书参与项目合同投标或资质升级等关键活动时，如果未给予您相应的知情权和同意权，这种行为更可能构成对员工权益的侵占。
其次，公司有义务向员工告知证书的使用情况。作为员工，您有权知道自己的证书将被如何使用，尤其是在涉及法律责任和潜在风险的情境下。公司应该明确告知您证书的使用目的、范围以及可能产生的后果，以便您能够做出明智的决策。
再者，若公司项目在使用您的证书参与项目合同投标或资质升级，但实际您并未参与，后续项目出现问题追究责任是否会影响到您？理论上，如果您并未实际参与项目，且对项目的具体情况一无所知，那么您不应该为项目的问题承担责任。但是，如果公司使用了您的证书进行欺诈、误导或其他违法行为，这可能会涉及到法律纠纷，进而对您产生影响。因此，建议您与公司明确责任划分，确保在出现问题时您的权益不受损害。
另外，您有权向公司申请证书使用补贴等权益。鉴于公司已经在使用您的证书并可能因此获得潜在价值，您可以与公司沟通协商，申请证书使用补贴或其他相关权益。具体的补贴政策或相关权益可能需要根据公司的内部规定或劳动合同来确定。
最后，如果公司未经您同意擅自使用您的证书资质导致您遭受经济损失，如证书无法正常使用、被行政处罚等，您有权主张公司承担赔偿责任。根据相关法律法规和司法解释，用人单位未依法告知劳动者证书使用风险或未取得劳动者同意的，劳动者有权要求用人单位承担相应损失。
建议行动：
希望以上分析能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。