不合法。用人单位在签订劳动合同时，仅缴纳商业补充险而不缴纳社保的行为违反了我国现行法律法规的强制性规定，具体分析如下：

1. 社保缴纳的强制性
   根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，包括基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险（统称“五险”）。该条款未赋予用人单位选择缴纳的权利，而是明确要求“应当”缴纳，属于强制性义务。即使双方在劳动合同中约定不缴纳社保，该条款也因违反法律强制性规定而无效。

2. 商业补充险的性质与局限性
   商业补充险（如意外险、医疗补充险等）属于用人单位自愿为员工购买的商业保险，其保障范围、赔付标准等由保险合同约定，与社保的法定性、普惠性存在本质区别。例如，社保中的工伤保险由用人单位全额承担费用，员工无需缴费，且赔付范围涵盖工伤医疗、伤残津贴、一次性工伤补助等；而商业意外险的赔付通常以合同约定的保额为限，且可能存在免责条款。因此，商业补充险无法替代社保的法定保障功能。

3. 法律后果与风险
   若用人单位未依法缴纳社保，员工可依据《社会保险法》第八十六条要求用人单位补缴，并可能面临社会保险行政部门责令限期改正、加收滞纳金、罚款等行政处罚。此外，员工若以“未依法缴纳社保”为由解除劳动合同，用人单位还需支付经济补偿金（按工作年限计算，每满一年支付一个月工资）。若员工发生工伤、医疗等情形，用人单位可能需承担本应由社保基金支付的待遇费用，进一步加重经济负担。

建议：
若您遇到此类情况，可先与用人单位协商补缴社保；若协商无果，可向当地社会保险行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自身合法权益。如有进一步疑问，欢迎直接向我咨询。