结论：申请劳动仲裁时能否主张交通补助，需结合具体情况判断，主要取决于劳动合同约定、公司规章制度以及实际履行情况。以下分情况说明：

1. 劳动合同或规章制度明确约定交通补助
   若劳动合同中明确约定了交通补助的金额、发放条件（如全勤、特定岗位等），或公司规章制度（如员工手册、薪酬制度）中规定了交通补助的发放标准，且该制度已通过民主程序制定并公示，则交通补助属于劳动报酬的组成部分。此时，若公司未按规定发放，您有权在劳动仲裁中主张补发，仲裁委一般会支持您的请求。

2. 实际履行中形成交通补助的惯例
   即使劳动合同或规章制度未明确约定，但公司长期、稳定地向员工发放交通补助（如每月固定金额），且员工对此形成合理信赖，可能被认定为“事实劳动关系”中的福利待遇。此时，若公司突然取消或减少交通补助，您可主张公司违反诚实信用原则，要求补发或恢复。但需注意，此类主张需提供充分证据（如工资条、银行流水、同事证言等），证明交通补助的发放具有持续性和稳定性。

3. 无约定且未形成惯例，但因工作产生实际交通费用
   若因工作原因（如外勤、出差）产生交通费用，且公司未提供交通工具或报销，您可主张“实际发生的合理费用”。但需注意：

   • 需证明费用与工作直接相关（如出差审批单、外勤记录、交通票据等）；
     
   • 费用金额需合理（如选择公共交通而非打车，或打车费用符合公司报销标准）；
     
   • 若公司已通过其他方式补偿（如提供交通卡、油补等），则可能无法重复主张。

4. 公司以“交通补助”名义发放，但实为福利或补贴
   若公司发放的“交通补助”并非基于工作需要，而是作为福利或补贴（如高温津贴、节日补贴等），则其性质可能不属于劳动报酬，而属于公司自主决定的福利待遇。此时，公司有权根据经营状况调整或取消，您主张补发的难度较大，除非能证明公司存在恶意克扣或违反承诺。

建议：

• 收集证据：劳动合同、规章制度、工资条、银行流水、交通票据、出差记录等；
  
• 明确主张：根据具体情况，选择主张“劳动报酬”（合同约定或惯例）或“实际费用”（工作需要）；
  
• 咨询专业意见：劳动仲裁涉及程序和实体问题，建议提前梳理证据链，必要时可向我进一步咨询具体操作。