结论前置：违反公司制度被开除的员工，仍然有权获得其已工作期间的工资。但具体是否获得经济补偿或赔偿，以及工资是否会被扣除部分金额，需根据违规行为的性质、公司规章制度的合理性、是否给公司造成损失以及劳动合同的约定等因素综合判断。
一、工资支付权利与法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，《工资支付暂行规定》第九条也明确指出，劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。这意味着，无论员工因何原因离职，只要其提供了劳动，就有权获得相应的工资报酬。因此，即使员工因违反公司制度被开除，公司仍需支付其已工作期间的工资。
二、经济补偿与赔偿的判定
无需支付经济补偿的情况：
- 如果员工的违规行为严重到足以让用人单位依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同，且这一行为被认定为劳动者的过失，那么用人单位在开除劳动者时通常不需要支付经济补偿金。例如，员工严重违反公司规章制度、严重失职给公司造成重大损害等情形。
需要支付赔偿金的情况：
- 如果公司的规章制度存在不合理之处，如规定过于严苛或违反法律法规，导致员工被违法解除劳动合同，那么公司除应支付工资外，还需按照相关法律规定向员工支付赔偿金。赔偿金的计算通常依据员工在公司的工作年限和工资水平来确定。
三、特殊情况的处理
违反制度造成损失：
- 如果员工的违规行为给用人单位造成了经济损失，用人单位有权要求员工进行赔偿。但这并不影响员工获得其已工作期间工资的权利。用人单位可以在支付工资后，通过合法途径另行向员工追偿。在追偿过程中，每月扣除的赔偿部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
工资扣除的合法性：
- 公司不能随意扣除员工的工资。即使员工违反了公司制度，公司也只能在符合法律法规和劳动合同约定的前提下，扣除与违规行为直接相关的赔偿部分。如果公司无故扣除员工工资或扣除金额超过法定标准，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
四、维权途径与建议
- 查看公司规定与劳动合同：员工在遭遇此类情况时，应首先了解公司关于工资扣除、解除劳动合同等相关规定和劳动合同的约定，判断公司的做法是否合法合理。
- 与公司协商：如果员工认为公司的做法存在问题，可以尝试与公司进行友好沟通协商，寻求妥善解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果或公司做法明显违法，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足员工的诉求，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
总结与建议：违反公司制度被开除的员工仍有权获得其已工作期间的工资。在具体操作中，建议员工和用人单位都遵循相关法律法规和劳动合同约定，确保双方的权益得到合理保障。对于员工而言，若遭遇不公待遇或工资被非法扣除等情况，应及时通过合法途径维权；对于用人单位而言，也应完善内部管理制度，确保规章制度的合理性和合法性，避免不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。