结论：办理退休时，银行流水公司和签合同公司不是同一个公司，一般情况下不会影响退休手续的办理，但具体是否产生影响还需根据退休类型、社保缴纳情况以及地方政策等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、退休类型与社保缴纳情况的影响
企业职工退休：
- 对于企业职工而言，退休手续的办理主要依据的是社保缴纳记录和劳动合同关系。如果您的社保是由签合同的公司缴纳的，且该公司的缴纳记录完整、连续，那么即使银行流水显示的是另一家公司，通常也不会影响退休手续的办理。因为社保部门主要关注的是社保缴纳的连续性和完整性，而非银行流水与合同公司的完全一致。
- 特殊情况：如果银行流水显示的公司与社保缴纳公司存在关联关系（如母子公司、分公司等），且能够证明这种关联关系对社保缴纳没有影响，那么通常也不会构成问题。但如果银行流水显示的公司与社保缴纳公司完全无关，且无法合理解释这种差异，那么可能会引发社保部门的关注，需要您提供额外的证明材料来澄清情况。
灵活就业人员退休：
- 对于灵活就业人员而言，退休手续的办理主要依据的是个人社保缴纳记录。由于灵活就业人员没有固定的劳动合同关系，因此银行流水公司与签合同公司（如果存在的话）的不一致通常不会影响退休手续的办理。只要您的社保缴纳记录完整、连续，且符合退休条件，就可以正常办理退休手续。
二、地方政策的影响
- 不同地区的社保政策可能存在差异，有些地区可能对银行流水与合同公司的一致性有更严格的要求。因此，在办理退休手续前，建议您先咨询当地社保部门或相关机构，了解具体的政策要求和办理流程。
- 如果地方政策对银行流水与合同公司的一致性有明确要求，且您的情况不符合该要求，那么您可能需要提供额外的证明材料来澄清情况或进行补缴等操作。
三、建议与注意事项
保留相关证据：
- 无论您是企业职工还是灵活就业人员，都建议您保留好与社保缴纳、劳动合同关系等相关的证据材料（如社保缴纳记录、劳动合同、工资单、银行流水等）。这些材料在办理退休手续时可能会被要求提供，以证明您的社保缴纳情况和劳动合同关系。
及时咨询与沟通：
- 如果您在办理退休手续过程中遇到任何问题或疑问，建议及时咨询当地社保部门或相关机构的工作人员。他们可以根据您的具体情况提供针对性的指导和帮助，确保您能够顺利办理退休手续。
关注政策变化：
- 社保政策可能会随着时间和经济形势的变化而调整。因此，在办理退休手续前和办理过程中，建议您关注当地社保政策的最新动态和变化情况，以便及时调整自己的办理策略和准备相关材料。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议和指导。