在上班途中发生车祸且承担次要责任时，公司是否会扣钱，核心在于该事故是否满足工伤认定条件。以下是对此问题的详细分析：
一、若车祸被认定为工伤
停工留薪期待遇：
- 根据《工伤保险条例》及相关规定，员工因工作遭受事故伤害需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由公司按月支付。
- 停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
工伤保险责任：
- 若公司已依法为员工缴纳工伤保险，则大部分赔偿费用（如医疗费用、一次性伤残补助金等）由工伤保险基金支付。
- 公司需承担的费用主要包括停工留薪期内的工资福利、五级至六级伤残职工的伤残津贴，以及劳动合同终止或解除时的一次性伤残就业补助金。
- 若公司未依法为员工缴纳工伤保险，则需承担全部工伤保险责任，包括但不限于医疗费用、停工留薪期工资、伤残补助金等。
公司不会因此扣钱：
- 在工伤认定且公司依法缴纳工伤保险的情况下，公司不会因员工发生工伤而扣减其工资或福利。
- 若公司未缴纳工伤保险，则需自行承担全部赔偿责任，但这也不等同于“扣钱”，而是公司应履行的法定义务。
二、若车祸不被认定为工伤
无需承担工伤责任：
- 若车祸不符合工伤认定条件（如员工承担主要责任或全部责任），则公司无需承担与工伤相关的责任。
公司规章制度与人文关怀：
- 公司可根据自身的规章制度和人文关怀，给予员工一定的慰问或救助，但这并非法律强制要求。
- 若公司规章制度中有相关规定（如设立员工互助基金等），则可能按制度给予员工一定帮助。
公司不会因此扣钱：
- 在非工伤情况下，公司无权因员工发生车祸而扣减其工资或福利。
- 若公司存在此类行为，员工可依法维护自身权益。
三、特殊情况与建议
特殊情况：
- 在某些特殊情况下，即使员工对交通事故负一定责任，也可能被认定为工伤（如员工在下班途中从事属于工作原因的活动时遭遇车祸等）。
- 具体的责任认定和赔偿事宜，需依据相关法律法规和实际情况来确定。
建议：
- 员工在发生车祸后，应及时向公司报告，并保留好相关证据（如交通事故认定书、医疗证明等）。
- 公司应加强交通安全教育，提高员工的交通安全意识，以减少此类事故的发生。
- 若对工伤认定或赔偿事宜存在争议，可向当地的劳动保障行政部门提出工伤认定申请，或寻求法律援助。
综上所述，在上班途中发生车祸且承担次要责任时，公司是否会扣钱取决于事故是否被认定为工伤以及公司是否依法缴纳了工伤保险。无论何种情况，公司都应秉持人文关怀精神，给予员工必要的支持和协助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。