确认用工主体责任既可以通过仲裁，也可以通过起诉，具体取决于争议的性质、当事人的意愿以及法律规定。以下是对这一问题的详细分析：
协商解决：
- 如果用人单位和劳动者对于用工主体责任的认定没有太大争议，双方可以优先选择自行协商，就责任承担、补偿赔偿等问题达成一致意见。这种方式高效且成本低，有助于维护双方的和谐关系。
劳动仲裁的适用性：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条，当用工主体责任涉及确认劳动关系发生的争议；因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议时，它可能属于劳动仲裁的范畴。
- 劳动仲裁机构会根据双方提交的证据和法律规定对用工主体责任进行认定，并作出具有法律效力的裁决。如果一方不履行仲裁裁决，另一方可以向法院申请强制执行。
- 劳动仲裁程序相对灵活、快捷，费用也比较低，是解决劳动争议的重要途径之一。
诉讼解决的选择：
- 当事人对仲裁结果不服的，可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
- 对于一些符合条件的纠纷，当事人也可以选择直接向法院提起民事诉讼，由法院来认定用工主体责任并作出判决。
- 诉讼解决虽然程序相对复杂，但能够提供更全面的法律保障和救济途径。例如，在涉及复杂法律关系或高额赔偿的案件中，诉讼可能更为合适。
实际操作建议：
- 在处理用工主体责任争议时，建议先根据争议的具体情况，评估协商、仲裁或诉讼哪种方式更为合适。
- 如果争议较为简单，且双方愿意友好解决，协商可能是最佳选择。
- 如果争议涉及法律条款的适用或需要专业判断，劳动仲裁可能更为合适。
- 如果对仲裁结果不满意，或者争议涉及复杂的法律关系和高额赔偿，诉讼可能是必要的选择。
举例说明：
- 假设一名员工因工作受伤，与用人单位就工伤赔偿问题产生争议。如果双方对赔偿金额和责任划分没有太大分歧，可以选择协商解决。
- 如果协商无果，且争议属于劳动仲裁的范畴（如涉及工伤医疗费、经济补偿等），员工可以向劳动仲裁机构申请仲裁。
- 如果对仲裁结果不满意，或者争议涉及更复杂的法律问题（如用人单位是否构成违法解除劳动合同等），员工可以向法院提起诉讼。
综上所述，确认用工主体责任并不一定需要通过仲裁或起诉中的某一种方式，而是应根据争议的性质、当事人的意愿以及法律规定来选择合适的解决方式。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。