当建设工程施工合同被认定为无效时，关于工程约定的分期付款如何处理，这是一个涉及法律原则与实际操作相结合的问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、合同无效的法律后果与处理原则

根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，建设工程施工合同无效后，并不意味着所有约定都完全失效。特别是当工程已经实际施工并验收合格时，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款。这是因为承包人的劳动和投入已经物化到工程中，无法简单返还，因此应折价补偿。这一处理原则体现了公平原则和诚实信用原则，旨在合理补偿承包人已完成的工作。

二、分期付款的具体处理方式

1. 参照合同约定支付：

   • 如果工程经竣工验收合格，且合同中有明确的分期付款约定，承包人可以请求发包人参照合同约定的分期付款方式和金额支付工程价款。这是最直接且常见的方式，既符合双方原意，也便于操作。

2. 根据实际履行情况调整：

   • 若实际履行与合同约定存在差异，如工程变更、材料替换等导致工程量或成本发生变化，应据实调整分期付款的金额。这要求双方根据实际情况进行协商，确保付款金额与实际完成的工作量相匹配。

3. 折价补偿与鉴定评估：

   • 若合同未明确约定分期付款方式或约定不明确，且无法通过协商确定，可以依据相关鉴定机构出具的鉴定结论进行折价补偿。鉴定机构会考虑工程成本、市场行情、实际完成量等因素，作出合理的分期付款评估。

4. 扣除相关费用与损失赔偿：

   • 在支付分期工程价款时，应扣除因合同无效而给发包人造成的损失，如修复费用、延误工期导致的损失等。同时，如果承包人在施工过程中存在过错，也应承担相应的责任，并从分期付款中扣除相应金额。

三、特殊情况下的处理

1. 工程质量不合格：

   • 如果工程经竣工验收不合格，且修复后的工程仍不合格，承包人无权请求支付工程价款，包括分期付款。此时，发包人有权要求承包人承担修复费用或赔偿责任，并可能从已支付的款项中扣除相应金额。

2. 转包或违法分包：

   • 对于转包或违法分包的工程，实际施工人（即与承包人签订合同的第三方）有权向承包人或发包人主张权利。在分期付款方面，实际施工人可以请求按照其实际完成的工作量获得相应的款项。但需注意的是，发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。

四、建议与注意事项

1. 确保工程质量：首要任务是确保工程质量符合标准，以作为分期付款的依据。

2. 协商与调解：双方应尽量通过协商和调解解决争议，避免法律纠纷。在协商过程中，可以明确分期付款的具体方式、金额和时间节点。

3. 保留证据：无论是协商还是诉讼，都应妥善保管相关文件和资料作为证据，如合同、验收报告、付款凭证等。

4. 了解法律法规：熟悉相关法律法规和政策规定，以更好地维护自身权益并规避法律风险。

5. 诉诸法律途径：若无法达成一致意见，可通过法律途径解决争议，如向人民法院提起诉讼或申请仲裁。

综上所述，建设工程施工合同无效时的分期付款问题需综合考虑工程质量、合同约定及实际情况等多方面因素。双方应保持冷静理性，通过协商、调解或法律途径解决争议，并确保分期付款的合理支付。