与快递公司签订承运合同的员工，其工资一般由快递公司发放。以下是对此问题的详细分析：
合同关系与工资发放：
- 当员工与快递公司签订承运合同时，双方即建立了劳动关系或劳务关系（具体取决于合同性质及法律规定）。在这种关系下，员工为快递公司提供劳动服务，而快递公司则作为雇主，有义务按照合同约定向员工支付工资。
- 工资是员工因提供劳动而应得的报酬，其发放主体通常是与员工建立劳动或劳务关系的用人单位，即快递公司。
特殊情况下的工资发放：
- 虽然大多数情况下工资由快递公司直接发放，但也存在一些特殊情况。例如，如果快递公司通过第三方平台或劳务派遣公司雇佣员工，那么工资可能由这些第三方机构代发。然而，这并不改变工资的实际支付义务仍归属于快递公司的事实，只是支付方式或支付主体在形式上有所变化。
- 另外，如果承运合同中明确约定了工资由其他主体支付（如由快递公司的合作伙伴或客户支付），且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么工资可能由该约定主体支付。但这种情况较为少见，且需要合同双方有明确的约定。
法律建议：
- 对于员工而言，在签订承运合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付的部分，确保自己的权益得到保障。
- 如果对工资发放主体或支付方式有疑问，应及时向快递公司或相关法律专业人士咨询，以避免后续纠纷。
- 如果发生工资拖欠或未支付的情况，员工可以依据相关法律法规和合同约定，通过劳动仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。
综上所述，与快递公司签订承运合同的员工，其工资一般由快递公司发放。但在特殊情况下，也可能存在由其他主体代发或支付的情况。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。