国企单位以年龄大于40岁为由拒绝劳务派遣员工转正，是不合法的。

首先，从法律角度来看，《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》均明确规定了劳动者享有平等就业和选择职业的权利，不因年龄、性别等因素而受到歧视。国企单位作为用人单位，应当遵守相关法律法规，不得随意以年龄为由拒绝劳务派遣员工的转正申请。

其次，劳务派遣作为一种特殊的用工方式，其本质仍然是劳动关系。在劳动关系中，劳动者应当享有与正式员工同等的待遇和权利，包括但不限于工资、福利、社会保险等。因此，国企单位不能仅仅因为员工是劳务派遣身份且年龄超过40岁，就拒绝其转正申请。

最后，如果国企单位确实存在以年龄为由拒绝劳务派遣员工转正的情况，那么这种行为不仅违反了相关法律法规，也损害了劳动者的合法权益。劳动者可以通过法律途径维护自己的权益，包括但不限于向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁或诉讼等。

综上所述，国企单位以年龄大于40岁为由拒绝劳务派遣员工转正是不合法的。如果劳动者遇到此类情况，应当及时咨询专业律师或相关机构，维护自己的合法权益。