结论：员工仲裁了十几万，协商五万公司不一定会赔付，具体是否赔付取决于多种因素，包括协商的合法性、公司的意愿以及是否存在其他法律障碍等。以下从不同角度进行分析：
一、协商的合法性与效力
协商的合法性：
- 双方协商是解决劳动争议的一种常见方式，只要协商过程不违反法律法规的强制性规定，且双方意思表示真实，协商结果通常具有法律效力。
- 在协商过程中，双方应确保协商内容不损害国家、集体或第三人的利益，不违反公序良俗。
协商的效力：
- 一旦双方达成协商一致，并签订书面协议，该协议即对双方具有约束力，双方应按照协议内容履行各自义务。
- 如果公司同意赔付五万，并签订了书面协议，那么公司应当按照协议履行赔付义务。
二、公司意愿与实际情况
公司意愿：
- 公司是否愿意赔付五万，取决于公司的财务状况、对仲裁结果的预期以及协商过程中的谈判策略等多种因素。
- 如果公司认为赔付五万是合理的，或者出于维护企业形象、避免进一步法律纠纷等考虑，可能会同意赔付。
实际情况：
- 即使双方协商达成一致，公司也可能因财务困难、对仲裁结果有异议等原因而拒绝赔付。
- 在这种情况下，员工可以通过法律途径（如申请强制执行）来维护自己的合法权益。
三、法律障碍与风险
法律障碍：
- 如果协商内容违反了法律法规的强制性规定（如低于法定最低工资标准、违反社会保险缴纳规定等），则该协商结果可能无效。
- 此外，如果协商过程中存在欺诈、胁迫等情形，也可能导致协商结果被撤销或无效。
风险：
- 对于员工而言，如果协商赔付金额过低，可能无法完全弥补其实际损失，因此需要谨慎考虑协商金额。
- 对于公司而言，如果协商后拒绝赔付，可能面临法律诉讼、声誉损害等风险。
四、建议与措施
员工方面：
- 在协商过程中，员工应充分了解自己的权益和法律法规的规定，确保协商内容合法合理。
- 如果协商不成或公司拒绝赔付，员工可以及时向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
公司方面：
- 公司应认真对待员工的仲裁申请，积极与员工进行协商，寻求合理解决方案。
- 如果协商不成或确实无法赔付，公司应做好应对法律诉讼的准备，并积极配合相关部门的调查和处理。
举例说明：假设员工因工伤仲裁要求公司赔付十几万，经过协商，公司同意赔付五万并签订了书面协议。如果公司后续拒绝赔付，员工可以依据该协议向法院申请强制执行，要求公司履行赔付义务。如果协商内容存在违法情形或协商过程中存在欺诈、胁迫等情形，员工或公司均可以依法申请撤销或变更协商结果。
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