结论前置：公司以早退几秒钟为由罚绩效奖金是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司规章制度明确规定早退（包括几秒钟）属于违纪行为，且该制度经民主程序制定、已公示或告知员工，同时未超出合理限度，则公司有权依据制度扣减绩效奖金。
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位可依法制定规章制度，但需满足三个条件：

   • 内容合法（不违反法律强制性规定）；
     
   • 程序民主（经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定）；
     
   • 公示告知（通过培训、签字、邮件等方式让员工知悉）。
     若公司制度符合上述要求，且明确将“早退几秒钟”纳入扣罚范围（例如规定“早退1分钟内扣减绩效奖金的10%”），则属于合法行使管理权。但需注意，扣罚金额应与违纪行为严重程度匹配，若扣罚比例过高（如早退几秒扣全部奖金），可能因“显失公平”被认定为违法。

2. 若公司规章制度未明确规定早退几秒钟的处罚，或制度未履行民主程序、未公示告知，则公司无权以此为由扣减绩效奖金。
   根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，用人单位以劳动者违反规章制度为由扣减工资，需证明制度合法有效且劳动者存在违纪行为。若制度本身存在瑕疵（如未民主程序、未公示），或未明确“早退几秒钟”的处罚标准，则公司扣罚行为缺乏依据，劳动者可主张补发奖金，甚至以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除劳动合同并要求经济补偿。

3. 若公司扣罚行为导致劳动者工资低于当地最低工资标准，则属于违法。
   根据《劳动法》第四十八条，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若公司因早退几秒钟扣罚后，劳动者当月实发工资低于最低标准，即使制度合法，扣罚部分也需补足差额。

建议：

• 若您遇到此类情况，可先核查公司规章制度是否合法有效（如是否民主制定、是否公示）；
  
• 若制度合法且明确规定早退几秒钟的处罚，可与公司协商调整扣罚比例（如按实际早退时间折算扣罚）；
  
• 若制度违法或扣罚不合理，可向公司提出异议，或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁维护权益。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体处理方案。