员工补偿协议公司应当盖公司公章或者合同专用章。以下是对这一问题的详细分析：

一、公章与合同专用章的法律效力

1. 公章：公司公章是公司处理内外部事务的印鉴，具有最高的法律效力。在员工补偿协议上加盖公司公章，意味着公司对该协议内容的认可和承担相应法律责任。

2. 合同专用章：合同专用章是公司专门用于签订合同的印章，其法律效力与公章在合同领域内相当。在员工补偿协议上加盖合同专用章，同样表明公司对该协议的认可和承担法律责任。

二、选择盖章的考虑因素

1. 公司规定：不同公司可能有不同的内部规定，关于哪些文件需要加盖公章，哪些文件可以加盖合同专用章。因此，在实际操作中，应首先遵循公司的相关规定。

2. 协议性质：员工补偿协议属于涉及公司员工权益的重要文件，通常建议加盖公司公章，以体现公司对该协议的重视和严肃性。然而，如果公司有明确规定或习惯使用合同专用章签订此类协议，且该做法不违反法律法规，那么加盖合同专用章也是可行的。

3. 实际操作便利性：在某些情况下，如果公章不在现场或使用不便，而合同专用章易于获取和使用，那么从实际操作便利性的角度出发，可以选择加盖合同专用章。但务必确保该做法符合公司规定和法律法规要求。

三、盖章的注意事项

1. 确保印章真实有效：在加盖印章前，应确认印章的真实性和有效性，避免使用伪造或过期的印章。

2. 明确盖章位置：在协议上明确标注盖章位置，确保印章清晰可辨，避免因盖章位置不当或印章模糊而引发纠纷。

3. 保留盖章记录：建议公司保留盖章记录，包括盖章时间、盖章人员、盖章文件等信息，以备后续查询和核实。

四、法律后果

如果公司在员工补偿协议上加盖了真实有效的公章或合同专用章，那么该协议将对公司产生法律约束力。公司应按照协议约定履行相关义务，否则可能面临法律责任。

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