离职补偿协议一般应加盖公司公章，而非合同章。以下从不同角度为你详细分析：
一、公章与合同章的法律效力及使用范围
公章：公章是公司处理内外部事务的印鉴，代表了公司的正式意志和身份。在法律上，公章具有最高的法律效力，用于公司的重要法律文件、合同、协议等，以证明文件的真实性和合法性。离职补偿协议作为公司与员工之间就离职补偿事宜达成的协议，属于公司的重要法律文件，因此应使用公章。
合同章：合同章主要用于公司签订各类合同，以证明合同的真实性和合法性。虽然合同章在合同签订方面具有法律效力，但其使用范围相对有限，通常不用于公司的重要法律文件或协议，如离职补偿协议等。
二、离职补偿协议的性质与要求
离职补偿协议是公司与员工之间就离职补偿事宜达成的书面协议，具有法律约束力。为了确保协议的真实性和合法性，以及体现公司的正式意志，使用公章是更为合适的选择。使用公章可以增强协议的法律效力，减少因印章问题可能引发的纠纷。
三、实际操作中的建议
明确协议内容：在签订离职补偿协议前，双方应明确协议的内容，包括补偿金额、支付方式、支付时间等，以确保协议的合法性和有效性。
使用正式印章：为了确保协议的法律效力，建议使用公司公章进行签署。如果公司确实没有公章或因特殊原因无法使用公章，也可以考虑使用其他具有法律效力的印章，但应确保该印章在公司内部具有正式性和权威性，并事先与员工进行充分沟通。
保留相关证据：在签订离职补偿协议后，双方应妥善保管协议原件及相关证据，以备不时之需。如果发生纠纷，这些证据将起到至关重要的作用。
四、可能存在的风险及防范
印章使用不当的风险：如果使用合同章或其他非正式印章签署离职补偿协议，可能会引发关于协议真实性和合法性的争议。为了避免这种风险，公司应明确规定离职补偿协议等重要法律文件必须使用公章进行签署。
协议内容不明确的风险：如果离职补偿协议的内容不明确或存在歧义，可能会导致双方在执行过程中产生纠纷。因此，在签订协议前，双方应充分沟通并明确协议内容，必要时可以寻求专业法律人士的帮助。
综上所述，离职补偿协议一般应加盖公司公章以确保其法律效力和真实性。如果你在离职补偿协议签订过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。