公司赔偿协议书上的公章，通常是公司的公章，而非人力资源部门的章。以下从几个方面进行详细分析：

1. 公章的法律效力：

   • 公司公章是公司对外行使权力、承担义务的重要标识，具有极高的法律效力。在签署重要合同、协议时，使用公司公章能够确保文件的合法性和有效性。
   • 人力资源部门章则主要用于内部人事管理相关事务，如员工调动、请假、薪资证明等，其法律效力相对有限，通常不适用于对外签署的重要合同或协议。

2. 赔偿协议书的性质：

   • 赔偿协议书是公司与受损方（如员工、客户、合作伙伴等）就赔偿事宜达成的书面协议，具有法律约束力。
   • 由于赔偿协议书涉及公司的经济利益和法律责任，因此必须使用具有最高法律效力的公司公章进行签署，以确保协议的合法性和有效性。

3. 实际操作中的惯例：

   • 在实际操作中，公司赔偿协议书通常由公司法定代表人或授权代表签署，并加盖公司公章。这是商业实践中的普遍做法，也是确保协议合法性和有效性的重要保障。
   • 如果使用人力资源部门章签署赔偿协议书，可能会引发对方对协议合法性和有效性的质疑，甚至可能导致协议无效或产生法律纠纷。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 当然，也存在一些特殊情况，如公司内部有明确规定或授权，允许人力资源部门在特定情况下代表公司签署赔偿协议书并加盖部门章。但这种情况非常罕见，且需要严格的内部审批和授权程序。
   • 即使在这种情况下，也建议公司在协议书中明确说明人力资源部门的授权范围和签署权限，以避免潜在的法律风险。

建议：

• 为了确保公司赔偿协议书的合法性和有效性，建议公司在签署时使用公司公章，并由法定代表人或授权代表签署。
• 如果公司内部有特殊规定或授权程序，请确保在签署前进行充分的内部审批和授权，并在协议书中明确说明相关情况。
• 如果您对公司赔偿协议书的签署程序或公章使用有疑问，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。