员工结清工资后与公司签订“再无争议”的协议，在一般情况下是合法的，但具体是否有效还需根据协议内容、签订时的具体情况以及相关法律法规来判断。以下从多个角度进行分析：

1. 协议内容合法性：

   • 如果协议内容仅涉及工资结清，并且明确双方就工资问题已无争议，这样的协议通常是合法的。它代表了双方对工资问题的最终确认和了结。
   • 然而，如果协议中除了工资问题外，还涉及其他劳动权益（如加班费、经济补偿金、社会保险等）的放弃，那么就需要特别谨慎。员工在签订此类协议时，应确保自己充分理解协议内容，并且这些放弃是出于自愿，没有受到任何胁迫或误导。

2. 签订时的具体情况：

   • 协议的签订应当是在双方平等、自愿的基础上进行的。如果公司在签订协议时利用优势地位，迫使员工放弃某些权益，那么这样的协议可能是无效的。
   • 另外，如果员工在签订协议时存在重大误解或协议内容显失公平，员工也有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该协议。

3. 相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者与用人单位在解除或终止劳动合同时，应当依法支付经济补偿金等费用。如果协议中涉及这些费用的放弃，员工应确保自己已经充分了解并考虑了相关后果。
   • 同时，如果协议内容违反了法律法规的强制性规定，那么该协议也是无效的。例如，如果协议中规定员工放弃追究公司违法行为的法律责任，这样的条款就是违法的，无效的。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，法院或仲裁机构在审理此类案件时，会综合考虑协议内容、签订时的具体情况以及相关法律法规来判断协议的效力。如果协议内容合法、签订时双方平等自愿，并且没有违反法律法规的强制性规定，那么这样的协议通常是会被认定为有效的。

建议：

• 员工在签订此类协议前，应仔细阅读协议内容，确保自己充分理解并同意其中的条款。
• 如果对协议内容有任何疑问或不确定的地方，应及时向公司提出并寻求解答。
• 在签订协议前，也可以咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到充分保障。

如果您在签订此类协议过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。