结论：单位是否会因员工与他人配偶发生不正当关系而将其辞退，需视具体情况而定，包括单位规章制度、员工行为性质及后果等。以下从不同角度进行分析：

1. 单位规章制度的角度

   • 规章制度内容：许多单位在规章制度中明确规定了员工应遵守的道德规范和职业操守，包括禁止员工与他人配偶发生不正当关系等行为。若单位有此类规定，且员工违反了该规定，单位有权依据规章制度对员工进行相应的处理，包括辞退。
   • 规章制度合法性：然而，单位规章制度必须合法有效，即内容不违反法律法规的强制性规定，且制定程序合法（如经过民主程序制定、向员工公示等）。若规章制度不合法或制定程序存在瑕疵，单位依据该规章制度辞退员工可能面临法律风险。

2. 员工行为性质及后果的角度

   • 行为性质：员工与他人配偶发生不正当关系，虽然属于道德范畴的问题，但若该行为严重违反了社会公德或单位规章制度，且对单位造成了负面影响（如损害单位形象、影响工作氛围等），单位可能因此认为员工不适合继续留任。
   • 行为后果：若员工的行为还涉及违法犯罪（如重婚罪等），单位则更有可能依据法律法规和单位规章制度对员工进行辞退处理。但在此案例中，仅提及员工与他人配偶发生不正当关系被警察发现，并未提及涉及违法犯罪的情况，因此这一点主要作为一般性分析。

3. 法律法规的角度

   • 劳动合同法规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，单位辞退员工需符合法定情形，如员工严重违反单位规章制度、严重失职给单位造成重大损害等。若员工与他人配偶发生不正当关系的行为未达到上述法定情形，单位单方面辞退员工可能构成违法解除劳动合同，需承担相应的法律责任。
   • 例外情况：当然，若员工的行为确实严重违反了社会公德和单位规章制度，且对单位造成了极其严重的负面影响，单位在遵循合法程序的前提下，也可能通过协商或调解等方式与员工解除劳动合同。但这种情况较为特殊，需具体分析。

建议：

• 对于员工而言，应严格遵守社会公德和单位规章制度，避免发生不正当关系等行为，以免对个人职业生涯和单位造成不良影响。
• 对于单位而言，在制定规章制度时应明确规定员工应遵守的道德规范和职业操守，并确保规章制度合法有效。在处理员工违纪行为时，应遵循合法程序，确保处理结果的合法性和公正性。

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