结论：教师协议期内辞职扣工资是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于劳动合同或聘用协议中的相关条款以及是否符合法律法规的规定。

分析说明：

1. 劳动合同或聘用协议的约定：

   • 合法约定：如果劳动合同或聘用协议中明确规定了教师在协议期内辞职需承担的违约责任，包括扣除部分工资作为违约金，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除工资的行为可能是合法的。但需注意，违约金的数额应当合理，不得过分高于用人单位因此遭受的损失。
   • 违法约定：如果劳动合同或聘用协议中的相关条款违反了法律法规的强制性规定，如约定了过高的违约金或非法扣除工资等，那么这些条款是无效的，用人单位不得依据这些条款扣除教师的工资。

2. 法律法规的规定：

   • 《劳动合同法》的相关规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者约定违约金的，仅限于两种情形：一是用人单位为劳动者提供专项培训费用，对其进行专业技术培训，并约定服务期的；二是用人单位与劳动者约定竞业限制条款的。除此之外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，如果教师辞职不属于上述两种情形，且劳动合同或聘用协议中约定了违约金，那么这种约定可能是违法的，用人单位不得据此扣除工资。
   • 工资支付的规定：根据相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，除非有合法依据（如上述合法约定的违约金），否则用人单位不得随意扣除教师的工资。

法律建议：

• 审查合同条款：教师在辞职前，应仔细审查劳动合同或聘用协议中的相关条款，特别是关于违约责任和工资支付的条款，确保自己的权益不受侵害。
• 与用人单位协商：如果教师认为用人单位扣除工资的行为不合法或不合理，可以与用人单位进行协商，寻求妥善解决方案。
• 寻求法律援助：如果协商无果，教师可以向当地劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果扣除工资合法：教师可能需要承担一定的违约责任，但扣除的工资数额应当合理，不得过分高于用人单位因此遭受的损失。
• 如果扣除工资不合法：用人单位可能面临被责令支付拖欠的工资、加付赔偿金等法律后果，同时教师的合法权益也将得到保护。

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