公司以造成企业损失为由追回员工已发工资，这一做法通常是不合适的，但具体需分情况讨论。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则：工资支付与损失赔偿的独立性
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是用人单位的基本义务，也是劳动者提供劳动后应享有的基本权利。
损失赔偿原则：
- 如果劳动者因故意或重大过失给用人单位造成损失，用人单位有权要求劳动者承担赔偿责任。但这种赔偿责任与工资支付是两个独立的法律关系，不能混为一谈。
二、公司追回工资的合法性分析
合法情形：
- 在极少数情况下，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了因员工原因造成公司损失时，公司有权从员工工资中扣除相应赔偿，且该规定不违反法律法规的强制性规定，同时公司能够证明员工的过错与损失之间的直接因果关系，以及损失的具体数额，那么公司可能在一定程度上有权追回部分或全部已发工资。但这种情况需要严格符合法律程序和条件。
非法情形：
- 无合同或制度依据：如果劳动合同或公司规章制度中没有相关规定，或者规定本身违反法律法规的强制性规定，公司则无权单方面追回员工已发工资。
- 无法证明因果关系：即使劳动合同或公司规章制度中有相关规定，但如果公司无法证明员工的过错与损失之间的直接因果关系，或者无法确定损失的具体数额，公司也无权追回工资。
- 扣除金额超过限制：根据相关规定，即使因员工原因造成公司损失，公司从员工工资中扣除的赔偿金额也不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。如果公司扣除的金额超过这一限制，则属于违法行为。
三、法律建议
对于员工：
- 如果公司以造成企业损失为由追回已发工资，员工应首先查看劳动合同和公司规章制度中是否有相关规定。
- 如果认为公司的做法不合法或不合理，员工可以与公司进行协商，要求公司提供充分的证据证明其损失以及员工的过错与损失之间的因果关系。
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 公司应建立健全的规章制度，明确员工因故意或重大过失造成公司损失时的赔偿责任和赔偿方式。
- 在追回工资前，公司应确保有充分的证据证明员工的过错与损失之间的直接因果关系以及损失的具体数额。
- 公司应遵守相关法律法规的规定，不得超过法定限制扣除员工工资。
有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，给出更详细的法律建议。