没有合法土地手续的农作物，可能面临被责令退还土地、限期拆除地上附着物（包括农作物）或没收、罚款等处理，具体需结合土地性质、用途及实际使用情况综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若土地属于基本农田
   根据《土地管理法》及《基本农田保护条例》，禁止任何单位和个人在基本农田上发展林果业或挖塘养鱼。若农作物种植在基本农田上且未办理合法手续（如未通过农用地转用审批），可能面临以下处理：

   • 自然资源部门责令限期改正（如恢复耕种条件）；
     
   • 逾期未改正的，可能被强制清除农作物，并处以罚款（罚款标准为耕地开垦费的2倍以下，具体以地方规定为准）；
     
   • 若涉及非法占用耕地“量刑”（如占用基本农田5亩以上），还可能触犯《刑法》第三百四十二条，构成非法占用农用地罪，需承担刑事责任。

2. 若土地属于一般耕地
   一般耕地虽未纳入基本农田保护范围，但仍需遵守《土地管理法》中关于“农用地转用”的规定。若未办理合法手续种植农作物，可能面临：

   • 自然资源部门责令限期改正（如补办用地手续或恢复土地原状）；
     
   • 逾期未改正的，可能被没收地上附着物（农作物）或处以罚款（罚款标准为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下，具体以地方规定为准）；
     
   • 若涉及破坏耕地种植条件（如硬化土地、挖塘养鱼等），还可能被要求限期治理并恢复种植条件。

3. 若土地属于集体建设用地或未利用地

   • 集体建设用地：若未依法办理农用地转用审批或集体建设用地使用权出让、出租手续，直接种植农作物可能被认定为“非法占地”，面临责令退还土地、限期拆除地上附着物或没收、罚款等处理。
     
   • 未利用地：若未依法办理用地审批手续，直接开垦种植农作物可能被认定为“擅自改变土地用途”，面临责令限期改正、罚款等处理。

建议：

• 若已种植农作物但无合法手续，立即停止违法行为，并主动向当地自然资源部门说明情况，争取补办手续或减轻处罚；
  
• 若涉及土地权属争议或手续办理困难，及时收集证据（如土地承包合同、缴费凭证、村委会证明等），通过行政复议或行政诉讼维护权益；
  
• 日常经营中务必提前核实土地性质及用途，避免因“不知情”而承担法律责任。
  

如有具体案件或细节需进一步分析，可直接向我咨询。