针对您提出的“合同签订两年后要合格证怎么办”的问题，这主要涉及到的是农产品质量安全领域的承诺达标合格证制度。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，如果您所涉及的合同是关于农产品的销售或采购，并且现在需要的是农产品的承诺达标合格证，那么这一需求是受到《中华人民共和国农产品质量安全法》保护的。新修订的该法于2023年1月1日起施行，其中创新建立了食用农产品承诺达标合格证制度，从法律层面确立了该项制度在农产品质量安全工作中的长期性、基础性地位。

接下来，我们根据该法的相关规定来解答您的问题：

1. 合格证的由来与法律地位：

   • 承诺达标合格证制度是为了确保食用农产品质量安全而建立的，它要求种植养殖者对其生产的农产品质量安全作出承诺，并以合格证的形式进行明示保证。
   • 新修订的《中华人民共和国农产品质量安全法》正式将食用农产品承诺达标合格证制度写入该法，明确了其法律地位。

2. 合格证的开具与要求：

   • 农产品生产企业、农民专业合作社应当根据质量安全控制、检测结果等开具承诺达标合格证，承诺不使用禁用的农药、兽药及其他化合物，且使用的常规农药、兽药残留不超标等。
   • 鼓励和支持农户销售农产品时也开具承诺达标合格证。
   • 从事农产品收购的单位或者个人应当按照规定收取、保存承诺达标合格证，并在对收购的农产品进行混装或分装后销售时，按照规定开具承诺达标合格证。

3. 针对您的情况的建议：

   • 如果您是农产品的采购方，且合同中未明确约定合格证的提供时间和方式，但根据法律规定或行业惯例，您有权要求销售方提供承诺达标合格证。
   • 如果销售方拒绝提供或无法提供合格证，您可以根据合同条款或相关法律规定，要求销售方承担相应的违约责任或进行质量检验。
   • 如果您是农产品的销售方，且合同签订时未提及合格证，但客户现在要求提供，您应当尽快根据质量安全控制、检测结果等开具承诺达标合格证，以满足客户需求并遵守法律规定。

4. 法律后果：

   • 如果农产品生产企业、农民专业合作社、从事农产品收购的单位或者个人未按照规定开具承诺达标合格证，或者从事农产品收购的单位或者个人未按照规定收取、保存承诺达标合格证，县级以上地方人民政府农业农村主管部门将按照职责给予批评教育，责令限期改正；逾期不改正的，将处以一百元以上一千元以下的罚款。

综上所述，如果您在合同签订两年后需要农产品的承诺达标合格证，您应当首先确认合同中的相关条款和约定，然后根据法律规定和行业惯例与销售方进行沟通协商。如果销售方无法提供或拒绝提供合格证，您可以考虑采取法律手段来维护自己的合法权益。希望这些解答能对您有所帮助。