在建设工程合同中，若双方未明确约定违约金的计算标准，那么在确定违约金时，我们需要综合考虑多个方面，以确保既符合法律法规，又体现公平与诚实信用原则。以下是对此问题的详细解答：
一、违约金确定的基本原则
在未约定违约金计算标准的情况下，违约金的确定应首先基于实际损失，并参考相关法律法规、行业惯例及法院或仲裁机构的裁决。这一原则旨在确保违约金的数额既合理又公正，既能有效维护守约方的合法权益，又不会对违约方造成过大的经济负担。
二、实际损失的计算
法律依据：根据《民法典》的相关规定，违约金的计算应相当于因违约所造成的损失，包括直接损失和间接损失，但不得超过违约一方订立合同时预见到的可能损失。
直接损失：这主要包括因违约行为导致的额外支出费用，如工期延误导致的加班费、设备租赁费等，以及材料损失，如因违约导致的材料损坏、浪费等。
间接损失：这主要涵盖预期利润损失和信誉损失。预期利润损失需结合同类型项目的利润率、市场行情等因素综合确定；信誉损失则可根据具体情况进行适当评估，虽然难以量化，但在确定违约金时也应予以考虑。
三、参考相关法规或行业惯例
法规规定：部分地区可能出台关于建筑工程违约赔偿的指导性规定，如按工程总造价的一定比例支付违约金。这些规定可以作为确定违约金的参考依据。
行业惯例：建筑行业在长期发展中形成的约定俗成做法，如工程质量不符合约定时，按修复费用的一定比例确定违约金。这些惯例在行业内具有广泛的认可度和适用性。
四、法院或仲裁机构的裁决
在双方无法协商一致时，可通过诉讼或仲裁方式解决争议。法院或仲裁机构会综合考虑违约行为的性质和程度、合同履行情况、双方的过错程度等因素来酌情确定违约金数额。这一过程中，法院或仲裁机构会遵循公平原则和诚实信用原则，确保违约金的确定既符合法律法规又体现公平与合理。
五、协商与调解
协商：双方可协商达成补充协议，明确违约金的计算方式或具体数额。这是解决争议最直接、最有效的方式之一。
调解：如协商不成，可共同请求相关机构调解。调解机构会根据双方的情况和诉求，提出合理的调解方案，帮助双方达成和解。
六、特殊情形下的违约金计算
逾期付款违约金：对于逾期支付工程款等款项的，可以按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率或者全国银行间同业拆借中心公布的贷款市场报价利率来计算利息损失，并作为违约金的一部分。
质量不合格违约金：若工程质量不符合合同约定，违约方可能需要承担修复费用、返工费用以及因此给守约方造成的损失等，这些都可以作为违约金的计算依据。
七、建议与总结
在签订建设工程合同时，建议双方尽量明确约定违约金的计算标准和方式，以减少后续纠纷和争议的发生。若合同未约定或约定不明确，双方应积极协商、调解或通过法律途径解决争议，确保违约金的确定既符合法律法规又体现公平与诚实信用原则。
综上所述，建设工程纠纷中未约定违约金计算标准时，我们应综合考虑实际损失、相关法律法规、行业惯例及法院或仲裁机构的裁决来确定合理的违约金数额。