关于您提出的“有合同在请病假还罚款是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动法规定和劳动合同条款合法性的重要问题。以下是对此问题的详细分析：
首先，我们需要明确的是，劳动合同中规定的病假扣款，并非一概而论地合法或非法，而是需要根据具体情况进行综合判断。
合法情形
符合法律下限要求：
- 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，职工在患病或非因工负伤治疗期间，企业应支付其病假工资或疾病救济费，且这一支付标准不得低于当地最低工资标准的80%。因此，如果劳动合同中约定的病假扣款后，职工实际拿到的工资仍然不低于这一标准，那么这样的扣款规定通常是合法的。
规章制度合法制定并公示：
- 企业有权依法制定规章制度，明确病假期间的工资支付办法及合理的扣款情形。但这些规章制度必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并公示给所有员工。如果规章制度内容不违反法律法规的强制性规定，且已向劳动者公示，那么基于这些规章制度制定的病假扣款规定也是合法的。
合理计算基数与系数：
- 病假工资的计算基数通常由劳动合同约定，但不得低于当地最低工资标准。同时，计算系数应根据职工在本单位的工作年限等因素合理确定。如果劳动合同中的病假扣款规定是基于合理的计算基数和系数，那么这样的规定也是合法的。
不合法情形
病假工资低于法定标准：
- 如果劳动合同中规定的病假扣款导致职工实际拿到的病假工资低于当地最低工资标准的80%，那么这样的扣款规定就是违法的。
缺乏合法制度依据：
- 如果企业未依法制定相关规章制度，或者规章制度未经民主程序和公示，却在劳动合同中约定病假扣款，那么这样的约定缺乏合法性基础，也是违法的。
扣款不合理或恶意克扣：
- 即使存在规章制度，但如果病假扣款明显不合理（比如按天扣除数倍于正常日工资的款项），或者企业以病假扣款为名恶意克扣劳动者工资，那么这样的行为同样构成违法。
争议解决途径
如果您与用人单位在病假工资问题上产生争议，您可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式进行解决。在此过程中，您应充分了解自己的权益，并尊重法律法规的权威性，确保争议得到公正、合理的处理。
综上所述，劳动合同中规定的病假扣款是否合法，需要综合考虑多个因素，包括法律法规、企业规章制度、计算基数与系数以及扣款行为的合理性等。只有在全面符合相关法律法规和政策要求的前提下，病假扣款规定才具备合法性。如果您对具体的扣款规定有疑问或不满，建议您及时咨询专业律师或劳动监察部门，以维护自己的合法权益。